Попов говорит и о том, что ему не удалось наладить рабочие отношения с российским аппаратом. Во многом помешала близость с Б.Н. Ельциным: «Мне было как-то неудобно за его спиной вести переговоры с правительством, с парламентом, с Хасбулатовым, Бурбулисом или Гайдаром. Он мог такие встречи истолковать как нежелание решать вопросы с ним самим. В итоге ничего хорошего не получилось, создавалось впечатление, что я никого, кроме Президента, не признаю, что не способствовало нормальной работе».
Наиболее крупная ошибка Мэрии, по признанию Попова, была совершена при проведении эксперимента в Октябрьском районе Москвы. Вокруг этого эксперимента разгорелся крупный скандал, вплоть до обвинений в коррупции Мэрии и Правительства города.
В Октябрьском районе на выборах победил И.И. Заславский, и демократы, выступая под лозунгами широких реформ, получили большинство. Хотя в Мэрии прекрасно понимали, что экономика района является органичной частью экономики всей столицы, все же решили пойти на эксперимент по предоставлению Октябрьскому району большой самостоятельности. Исходили тогда из идеи децентрализации. В итоге в Октябрьский район ринулись все желающие зарегистрировать новую политическую организацию, газету, дело (даже из других городов), кооператоры. Много появилось махинаторов, начавших незаконную торговлю недвижимостью.
Именно с этим экспериментом был связан скандал с технопарком на Калужской заставе, в адрес Попова и Лужкова посыпались обвинения в махинациях. Бесконечные компроматы никого сейчас не удивляют, действует налаженный механизм политического давления и избавления от нежелательных по тем или иным причинам чиновников. И все прекрасно понимают, что действительность страшно далека от этих «разоблачений». События, развернувшиеся в начале 90-х в Москве вокруг фирмы «Центр КНИИТ — Калужская застава», до сих пор выглядят очень запутанными. Невозможно доподлинно выяснить, были или не были допущены злоупотребления со стороны Мэрии. Однако очевидны причины, породившие обвинения Попова в коррупции, — это слухи о том, что он самый богатый человек России.
12 декабря 1991 года в газете «Труд» было опубликовано большое интервью с ним, в котором, рассуждая о коррупции, он высказал мысль, что опасно «ставить стенку» между аппаратом и предпринимательством. «…Я категорически против всяких злоупотреблений. Но это не означает, что работникам управления надо запрещать участие в бизнесе. Должен быть определен срок, после которого человек должен переходить в предпринимательскую структуру, если уж втянулся, стал заниматься бизнесом». Выглядит такое объяснение как теоретическая и достаточно романтическая попытка борьбы с коррупцией, но совсем не как призыв к чиновничеству воровать вся и все.
Кстати, эксперимент в Октябрьском районе провалился, идея районной самостоятельности была отброшена, а районы были, как мы помним, упразднены.
На фоне неудач и ошибок в проведении московских реформ политика Мэрии по отношению к национальным меньшинствам выглядит более успешной. Для решения национальных проблем в Моссовете была создана депутатская комиссия и Совет председателей землячеств при Мэрии. Московские власти поддержали идею открытия в Москве национальных школ, театров, издания газет на национальных языках, проведение фестивалей.
Реформы только начинались, впереди был океан работы. Но в самом разгаре ее, 18 декабря 1991 года, Попов совершенно неожиданно обратился к москвичам с заявлением о своей отставке, обосновав это решение тем, что программа московских реформ практически сорвана и не только благодаря усилиям Моссовета, но и во многом благодаря деятельности Верховного Совета России. «Верховный Совет, обсуждая закон о Москве, отклонил не только проект Мэрии, но и проект Моссовета. Он принял за основу проект, который не обсуждали не только горожане, но даже Моссовет и его Дума. Этот проект вообще не признает существующую администрацию. Этот проект навязывает Москве «Закон о местном самоуправлении», который признается неприемлемым даже для масштабов края или области», — говорилось в заявлении мэра.