Феофил прибыл в Константинополь не как обвиняемый, а как судья. Жившие в столице александрийцы устроили ему торжественный прием, а власти, ненавидевшие Златоуста, разместили Феофила в одном из царских дворцов. В то время на Востоке существовал особый вид подарка, называемый «благословение» («евлогия»). Это был подарок от епископа, сопровождаемый его благословением, из-за чего благословение переходило как бы и на сам подарок. Лицо, которому вручалась евлогия, не мог отказаться от подарка, потому что это было благословение епископа; в то же время епископ не мог отказать в благословении, а значит, и в подарке, тем, кто его просил. Таким образом, евлогии часто были скрытой формой взяточничества или, наоборот, вымогательства. Феофил раздал в Константинополе множество таких «благословений», разумеется, только нужным людям. Кроме того, он устраивал пышные обеды, чтобы привлечь на свою сторону толпу.
Через некоторое время Феофил собрал собор из 36 египетских епископов и направил Златоусту требование явиться и оправдаться от выдвигаемых против него обвинений: «Приходи на собор и захвати с собой Серапиона и Севириана». Собор Феофила проходил в предместье Халкидона, называвшегося Вилла Руфиниана, или вилла «Под дубом». Златоуст тем временем заседал со своим собором в Константинополе, на котором было 40 епископов, в том числе 3 митрополита. Иоанн ответил, что готов придти на собор в Руфиниану, если оттуда будут удалены его явные враги и противники, заранее считающие его виновным, в том числе сам Феофил и Акакий Верийский, открыто обещавший Златоусту «заварить ему кашу». Эти условия были отвергнуты, и собор Феофила начал судить Златоуста в его отсутствии.
Главным обвинителем на соборе выступил диакон Иоанн, которого Златоуст лишил сана за убийство. Диакон зачитал список из 29 пунктов, перечислив все прегрешения опального епископа против Церкви: избиение монахов, распродажа церковного имущества, избрание на церковные должности недостойных лиц (в пример приводился епископ Антонин, который якобы бы «ограбил гробницу»). На Златоуста снова навесили ярлык еретика и оригениста, припомнили ему все уничижительные слова, которые он говорил о духовенстве («бесчестные», «распутные», «ничтожные»), и заодно приписали ему заговор против Севириана. Его обвинили даже в том, что он принимал женщин при закрытых дверях. «Говорят, что я возлежал с женщиной, — жаловался потом Златоуст, — но обнажите мое тело, и найдете, что тело, влачимое мной, не более как труп». После 12 заседаний собора патриарх был признан виновным по всем пунктам и лишен сана. Император утвердил приговор и отправил Златоуста в ссылку.
Вскоре после этого в столице произошло землетрясение, и напуганный император поспешил вернуть Иоанна обратно. В честь возвращения в городе устроили пышную иллюминацию, но Златоуст отказался вернуться в Константинополь, пока собор не признает его невиновным. Тогда народ буквально на руках внес его в храм Св. Апостолов, где Иоанн произнес одну из своих лучший речей. Толпа уже хотела идти топить в Босфоре Феофила, и ему пришлось бежать из города.
Справедливость восторжествовала, но через несколько месяцев все началось сначала. Император сослал Златоуста по определению собора, значит, он не имел права возвращать его сам, а только по решению другого собора. В Константинополе снова собрался собор и осудил Иоанна уже за то, что тот незаконно вернулся на епископскую кафедру. Император приказал Златоусту удалиться из церкви, но тот ответил, что не может оставить храм, вверенный ему Богом, и подчинится только насилию. В субботу в девятом часу дня в храм ворвались фракийские солдаты и начали избивать прихожан. Иоанн был изгнан из церкви, вместе с ним ушла и его паства. За неимением храма прихожане стали собираться в банях, но их выгнали и оттуда; тогда они сбежали в предместье Константинополя. Наконец, Златоусту приказали отправиться в изгнание. Перед уходом он попросил свою паству не разжигать смуту в Церкви и признать законность его преемника. Вдогонку торжествующий Феофил написал против Златоуста сочинение, где называл его нехристем и Валтасаром. Святой Иероним, видевший в Златоусте разоблаченного оригениста, выразился о нем еще красноречивей: «Нечестивый, разбойник, святотатец, Иуда и сатана, которого достаточно не может наказать даже ад».