Подвижничество Пахомия, военного по профессии, напоминало своей строгостью воинский устав. Выйдя в отставку, он еще молодым крестился и поселился для аскетических подвигов на правом берегу Нила. Поначалу его жизнь напоминала практику других отшельников, но когда вокруг него собралось много последователей, он не ушел дальше в пустыню, как делали Антоний и другие, а основал «общее житие» — киновию, со своим уставом и правилами жизни. Так на свет появился первый христианский монастырь. Когда монахов стало слишком много, Пахомий основал второй, третий и так далее — всего девять. Настоятелем всех обителей был сам Пахомий, а его сестра одновременно с ним основала несколько женских монастырей.
Устав Пахомия был основан на строжайшей дисциплине. Все поступавшие в монастырь проходили испытательный срок: десять дней они должны были жить за стеной монастыря, падать ниц перед каждым монахом, терпеть поношения и исполнять их приказы. По окончании испытаний новых братьев распределяли в монастыре и селили по трое в одной келье. Двенадцать таких келий образовывали «дом». Дом был как бы самостоятельной частью монастыря: его обитатели вместе молились в будние дни и только по субботам и воскресеньям собирались на общие собрания. Всего в монастыре насчитывалось 30–40 домов, во главе каждого дома стоял надзиратель, во главе монастыря — игумен. К игумену обращались только в важных случаях, в остальном надзиратель мог решать вопросы на свое усмотрение. Сами монахи делились на 24 разряда, каждый из которых обозначался буквой греческого алфавита. Это было не только условным знаком, но и чем-то вроде звания или характеристики, связанных с самой формой буквы. Например, под буквой ἱ значились простые и прямолинейные монахи, под буквой ζ — более сложные и хитрые.
Все монахи были одеты одинаково — во все белое. В комплект одежды входили милоть из овечьей или козьей шкуры, крест-накрест стянутая шнурами, наплечная накидка, льняной пояс и полотняная рубаха с коротким рукавом, называемая левитоном. На голове носили детский колпачок в виде мягкой шапочки черного цвета с пурпурного цвета крестом — символ детской незлобивости и послушания, на эту шапочку крепили специальный значок с обозначением монастыря и дома, в котором жил монах. Внутри монастыря ходили босыми, но в дальнюю дорогу одевали сандалии. Спали всегда полностью одетыми, не снимая даже куколя (капюшона).
В кельях киновитов не было ничего, кроме запасной рубахи с куколем и рогожи на полу. Все остальное отбиралось. Монахи делились по старшинству, которое определялось не по возрасту, а по выслуге лет — кто сколько времени пробыл в монастыре. За проступки старших монахов понижали в младшие. Послушников наказывали за опоздания на службу, за смешки, за перешептывания во время богослужения или за едой. Говорить за обедом запрещалось, все сидели молча, накрывшись куколями, и смотрели только в свою тарелку или в стол. Садились и вставали из-за стола по команде, ходили строем во главе с надзирателем. Нельзя было есть за пределами монастыря: если кто находил на земле съедобный плод, то должен был положить его назад у корня дерева. Не разрешалось заходить в чужие кельи, брать что-нибудь у других монахов, например, книгу, нельзя было даже петь псалмы, если не было приказа надзирателя. Работали, как и ели, тоже молча, потом молча шли в свои кельи. Излишнее рвение не поощрялось, так же, как недостаток рвения: распоряжения следовало выполнять точно, ничего не прибавляя от себя. Одного монаха наказали за то, что он сделал две циновки вместо двух, другого — за то, что он продал изделия монахов дороже, чем приказал ему Пахомий.
За легкие проступки наказывали выговором и покаянием: наказанный брат стоял на службе перед алтарем без пояса, опустив руки и наклонив голову; так же он стоял и в столовой, оставаясь за обеда. Провинившиеся более серьезно получали 39 палок, а злостных нарушителей выгоняли из монастыря. Сам Пахомий первый подавал пример послушания. Он жил как простой монах, подчиненный игумену, и выполнял все его приказы.
Все монахи были грамотны и знали наизусть часть Св. Писания — ту, которую им было предписано выучить. Надзиратель мог в любую минуту вызвать монаха к себе и проверить его знания. По вечерам надзиратели вели с братьями беседы и говорили им поучения.
Питались иноки очень скудно: хлебом, водой, овощами, сыром, смоквами и маслинами. Общее правило было — каждому давать по силе и возможностям, как еду, так и работу. Многие старались подражать в воздержанности Пахомию, который ел очень мало и даже смывал с овощей масло, считая его излишеством. Когда однажды он увидел, как монахи на трапезе с удовольствием ели какие-то плоды, то заплакал над их слабостью. Равняясь на его воздержание, монахи съедали в день по два-три куска хлеба, а до остального только дотрагивались для вида.