Можно говорить об обострении отношений церкви с государственными органами в ноябре 1923 г. Аресты членов Высшего церковного совета, многих иерархов и духовенства, а затем и наложение ареста на канцелярию Тихона, привели фактически к ликвидации патриаршего управления. Вновь оказавшись в неблагоприятных условиях, патриарх 23 ноября 1923 г. написал завещательное распоряжение, указывая кандидатуры местоблюстителей, чтобы каноническая преемственность в Российской церкви не прервалась. Таковыми он, как и ранее, указал митрополита Ярославского Агафангела (Преображенского), митрополита Казанского Кирилла (Смирнова), митрополита Крутицкого Петра (Полянского). Учитывая характер отношений с государством, патриарх стал принимать решения по вопросам церковной жизни единолично.
В январе 1924 г. ситуация несколько выправилась: патриарху возвращается печать, изъятая в ноябре 1923 г.; приступил к своей деятельности Синод в составе архиепископов Крутицкого Петра (Полянского), Уральского Тихона (Оболенского) и Тверского Серафима (Александрова); издается постановление о непризнании каноничности обновленческой иерархии. Отныне все клирики, находившиеся вне Православной церкви, признавались раскольниками, от них требовалось покаяние и осуждение Обновленческого собора 1923 г. Патриарх в общении с иерархией и духовенством уточнял, что обновленчество есть не только неподчинение патриарху; можно поминать, но быть обновленцем, если пренебрегать церковными традициями и установлениями. Одному из благочинных Самарской епархии патриарх писал:
…19 января 1924 г. в Большом театре открылся XI Всероссийский съезд советов. В зале присутствовало более полутора тысячи делегатов. В повестке дня съезда значились важнейшие вопросы хозяйственной жизни страны: переход к новым формам землепользования и развитию рыночных отношений в сельском хозяйстве; дальнейшее улучшение условий и охраны труда в промышленности и на транспорте; борьба с безработицей и ликвидация неграмотности; рассмотрение и утверждение бюджета РСФСР; наконец – доклад о союзной Конституции и разработка новой Конституции РСФСР.
22 января напряженная работа съезда была неожиданно прервана. Всероссийский староста М.И. Калинин сообщил трагическую весть – умер председатель Совнаркома В.И. Ленин. Как свидетельствуют очевидцы, в зале послышались испуганные возгласы; в президиуме съезда Г.Е. Зиновьев и Л.Б. Каменев, уронив головы на стол, плакали, как дети. Заседания были прерваны на неделю. Руководители партии и государства спешно направились в подмосковные Горки, куда уже стихийно началось массовое паломничество крестьян из ближайших сел и деревень. В тот же день, насколько позволяют определить документы, первыми из религиозных организаций, откликнувшихся на смерть Ленина, стали Центральное духовное управление мусульман России и соборная мечеть Москвы, а за ними направили свои соболезнования и другие религиозные организации[416].