Прибыв в столицу, Тихон по обыкновению разместился в Ярославском подворье. Во второй половине ноября состоялось первое заседание Синода, собравшееся в кабинете обер-прокурора А.Н. Волжина исключительно по «Тобольскому делу». Председательствовал митрополит Владимир (Богоявленский). Кроме членов Синода присутствовали: директор канцелярии обер-прокурора В.И. Яцкевич, управляющий канцелярией Синода Н.В. Нумеров. Уселись за стол. Секретарь изложил суть дела. Была прочитана царская резолюция. Обсуждение было горячим и резким. Кроме митрополита Владимира высказали свое отрицательное мнение по действию Варнавы и другие члены Синода: архиепископ Тверской Серафим (Чичагов), протопресвитер А.А. Дернов, протоиерей Георгий Шавельский. Близкие к старцу Григорию митрополиты Петроградский Питирим (Окнов) и Московский Макарий (Невский) в течение всего заседания не проронили ни одного слова. В заключение заседания было подтверждено прежнее решение Синода: считать прославление недействительным, а епископу Варнаве сделать внушение. Однако внесено было и небольшое, но важное дополнение: провести новое освидетельствование мощей и проверить сведения о чудесах, происходящих по обращению к ним или при них. А командировать в Тобольск решено было… архиепископа Тихона!
Синодальное распоряжение о командировании в Тобольск стало для Тихона полной неожиданностью, т. к. предварительно с ним никто на эту тему не говорил. А, может быть, его именно для этого и вызвали в присутствие? Но почему всплыло именно его имя? Остается только гадать. Как бы то ни было, но отказаться было невозможно!
12 декабря Тихон отбыл в командировку, а 17 декабря его торжественно встречали в Тобольске звоном колоколов со всех колоколен города. Проведя расследование, Тихон из Тобольска направляет обер-прокурору пространное заключение, в общем-то, обтекаемое по форме и умиротворяющее всех по содержанию. Ссылаясь на то, что почитание охватывает не только Тобольскую губернию, но и смежные с ней; что оно носит давний характер; что свершаются по молитвам верующих к митрополиту Иоанну чудеса и исцеления, подтверждаемые соответствующими документами; что осмотренные «честные останки митрополита Иоанна» нетленны – Тихон выражает и свое мнение: «едва ли польза церковного дела требует дальнейшего промедления с общим прославлением митрополита Иоанна», и завершает донесение следующими словами:
На донесении Тихона А.Н. Волжин 8 января 1916 г. наложил резолюцию: «К незамедлительному, в первое же заседание Святейшего синода в сем 1916 г., докладу». Думается, что и Николай II остался доволен результатом поездки Тихона, о чем свидетельствует его решение жаловать архиепископу Тихону бриллиантовый крест на клобук.
По возвращении из Тобольска архиепископ Тихон продолжил присутствовать в заседаниях Святейшего синода. Неоднократно он служил в монастырях и храмах Петрограда. При необходимости и малейшей возможности приезжал в Москву, где всякий раз старался служить в Малом соборе Донского монастыря, где были выставлены мощи виленских мучеников и чудотворная икона Виленской Божией Матери.
Поездка Тихона в Тобольск и его доклад сыграли свою роль -9 июня в Тобольске состоялось прославление в лике святых митрополита Тобольского Иоанна (Максимовича). Торжества возглавил митрополит Московский Макарий (Невский). По общей оценке, они были организованы образцово. 10 июня 1916 г. Николай II пожаловал епископу Варнаве орден Святого Владимира II степени, а 5 октября он был возведен в сан архиепископа.