Последствия, вытекающие из подписания этого договора, выходят за рамки нашего повествования, но читателю напомним о трех основных фактах. Во-первых, проведению в жизнь этого договора тайно противились влиятельные люди как в Португалии, так и в Испании и индейцы из иезуитской миссии с оружием в руках. Во-вторых, ненависть Помбала к иезуитам, приведшая к их изгнанию из Португалии, проистекала из его убеждения, что их козни были причиной того, что так и не удалось добиться новых территориальных приобретений в Уругвае и Амазонии. Между прочим, Помбал был одним из критиков договора, и, обвиняя иезуитов в его провале, он в то же время согласился вернуть испанцам разрушенные миссии иезуитов в Уругвае согласно договору Эль-Пардо (1761), который формально аннулировал результаты Мадридского договора. Окончательное соглашение, которое было достигнуто в 1777 г. в Сан-Ильдефонсо, в своей основе мало чем отличалось от договора, заключенного в Мадриде 27 годами ранее. Португалии пришлось отказаться от своих притязаний на Сакраменто и «Семь редукций». Однако были подтверждены ее обширные территориальные приобретения в Амазонии и в сердце Южно-Американского континента.
Статьи XI и XII Мадридского договора предусматривали назначение испанских и португальских пограничных комиссаров, задачей которых была демаркация новых границ и составление точных карт тех областей. В этом отношении португальцы были уже в чем-то впереди испанцев. Интерес Жуана V к спорным границам Бразилии еще более возрос, когда в 1722 г. в Париже известный французский географ Гийом де Лиль опубликовал карту Южной Америки. На ней северный берег Рио-де-ла-Плата и дельта Амазонки располагались к западу от линии Тордесильяса, и отсюда следовало, что, согласно договору 1494 г., это была, теоретически, испанская территория. Поскольку французская картография была более развита, чем испанская и португальская, эта публикация в любом случае ставила под сомнение территориальные претензии Португалии в Южной Америке и давала право испанцам заявить о своих притязаниях.
Возможно, по совету своего секретаря Алешандре де Гусмана, уроженца Бразилии, король Жуан V решился втайне составить точный атлас Бразилии, в котором долготы и широты были бы определены путем астрономических наблюдений, произведенных на суше. В то время научные иссследования в Португалии обстояли не лучшим образом, и король привлек для осуществления своего плана итальянских иезуитов отцов Карбоне и Капасси, которые прибыли в Лиссабон в сентябре 1722 г. Карбоне стал доверенным советником короля и так и не побывал в Бразилии. Лишь спустя семь лет Капасси отправился туда вместе с португальским иезуитом Диогу Соарешем. За эти несколько лет два итальянских иезуита произвели астрономические и топографические работы в Португалии и основали обсерваторию в Лиссабоне, снабдив ее французскими и английскими инструментами. Когда Капасси и Соареш наконец прибыли в Бразилию, то произвели съемку местности большей части южного побережья и Минас-Жерайса. Капасси умер в Сан-Паулу в 1736 г., и, хотя Диогу Соареш продолжал работать в одиночестве вплоть до своей кончины в Гоясе в 1748 г., по-видимому, он не дошел до западной границы этой большой области. Оба географа не побывали также и в штате Мараньян – Пара.
Результаты этих впервые проведенных ценных исследований двух иезуитов держались в секрете в интересах государства. Более важными в долгосрочной перспективе оказались изыскательские работы военных инженеров. Мануэл де Азеведу Фортеш, назначенный в 1719 г. главным инженером Португалии, проработал на своем посту 30 лет вплоть до своей смерти. Он ни на минуту не прекращал пропагандировать необходимость дальнейших исследований в области математических наук, картографии, архитектуры и полевой инженерии. Однако проект Азеведу Фортеша по составлению карты Португалии на основе триангуляции и топографической съемки так и остался незавершенным. Дон Жуан V не выделил на это необходимых средств, но, несмотря на это, португальские военные инженеры, начиная с 1720 г., выполнили ряд замечательных работ.