Главным органом исполнительной власти при Верховном правителе был Совет министров, в состав которого входили: 1) председатель Совета министров (в просторечии премьер-министр), 2) министр внутренних дел (в отличие от современного МВД, по дореволюционной модели возглавлявший не только силовые правоохранительные органы, но и контролировавший деятельность губернаторов), 3) управляющий Министерством иностранных дел (постоянным министром иностранных дел правительств Колчака и Деникина, как уже говорилось, был находившийся в Париже С.Д. Сазонов, занимавший этот пост еще в Российской империи в 1910–1916 годах), 4) военный министр (власть которого в условиях военного времени была ограничена властью Верховного главнокомандующего, а министр занимался в основном вопросами комплектования и снабжения армии), 5) морской министр (хотя настоящего морского флота на Востоке, в отличие от деникинского Юга с его Черноморским флотом, не было; в реальности морской министр ведал речными флотилиями и небольшой морской Сибирской флотилией на Дальнем Востоке), 6) министр финансов (в подчинение которого входили также казначейство и Госбанк), 7) министр юстиции (по дореволюционной традиции одновременно исполнявший функции современного генерального прокурора), 8) министр народного просвещения (включавшего все виды учебных заведений от начальных до высших), 9) министр путей сообщения (в то время заведовавший всеми видами транспорта, находившимися в государственной собственности), 10) министр торговли и промышленности (опять же, ведавший только госпредприятиями, а для частных устанавливались лишь общие правила деятельности), 11) министр земледелия (по аналогичной схеме по сельскому хозяйству), 12) министр продовольствия и снабжения (в условиях товарного дефицита времен Гражданской войны эта должность была исключительно важной, и до Колчака это были два отдельных министерства, но после прихода к власти он объединил их в одно с целью сокращения бюрократического аппарата), 13) министр труда (заведовал, как и сейчас, рабочим вопросом), 14) главноуправляющий по делам вероисповеданий (регулировал отношения государства с различными религиозными конфессиями), 15) управляющий делами Совмина (в руках которого находились ведение протокольной части и руководство техническим аппаратом правительства). Как видим, Колчак еще предпринимал меры по упрощению бюрократической структуры: он не только объединил два министерства продовольствия и снабжения в одно, но и ликвидировал Министерство почт и телеграфов, присоединив его к МВД. Особняком стоял находившийся в ранге министра государственный контролер (эта должность была сделана несменяемой ради придания ему относительной независимости).
Совет министров, располагавшийся в Омске в бывшем дворце генерал-губернатора (при Временном правительстве именовавшемся «Домом свободы»), при Колчаке играл, по сути, совещательную и служебно-исполнительную роль. Адмирал единолично назначал и смещал с постов министров. Правительство выполняло черновую работу по подготовке законопроектов, докладывая Верховному правителю лишь одобренные большинством министров результаты, без изложения «особых мнений» и разногласий. Роль правительства ослаблялась недостаточно сильной фигурой его главы Петра Васильевича Вологодского, которого характеризовали как «человека с ослабевшей волей, уступчивого, мягкого, неяркой индивидуальности», который «встал лицом к лицу с адмиралом, человеком горячего темперамента, легко и быстро впадающим в гнев и так же быстро потухающим, человеком с военными предрассудками и твердо определившимися предрасположениями»[238]. Наиболее влиятельными министрами в разные периоды были министр финансов Иван Андрианович Михайлов (фактически возглавлял правое крыло правительства, уволен в отставку в августе 1919 года), министр внутренних дел Виктор Николаевич Пепеляев (с мая 1919 года, в прошлом лидер сибирских кадетов, по своей политической роли в правительстве фактически сменивший Михайлова, после отставки Вологодского в ноябре 1919 года – премьер-министр), управляющий МИДом Иван Иванович Сукин (с декабря 1918 по ноябрь 1919 года), управляющий делами Совмина (до августа 1919), позднее министр юстиции (с мая по ноябрь 1919) и вице-премьер (с июля по ноябрь), профессор права Георгий Густавович Тельберг (в прошлом видный кадет правого направления, один из соавторов «конституции 18 ноября» совместно с Г.К. Гинсом) и управляющий делами Совмина (с августа по ноябрь 1919) профессор Георгий Константинович Гинс (умеренный кадет). Хотя по «конституции 18 ноября» Совет министров (за отсутствием выборного представительного органа) формально являлся не только исполнительным, но и законодательным органом, его реальный вес резко упал по сравнению с периодами Сибирского правительства и Директории.