Итак, путь на Китай был свободен. Чингис-хану оставалось, пожалуй, последнее: поднять моральный дух армии перед большой войной. Он постарался придать ей в глазах монголов глубокий религиозный смысл. «Само Вечно Синее Небо поведёт мои войска мстить за прежние причинённые монголам обиды!» — говорил он. Перед началом похода он уединился в своей кибитке и молился там о даровании победы: «О, Творец! Я вооружился для отмщения крови моих дядей, которых цзиньцы умертвили самым бесчестным образом! Если Ты одобряешь моё предприятие, то пошли свыше Твою помощь, а на земле повели, чтобы люди и добрые и злые духи соединились для одоления моих врагов!» Окружавшие кибитку народ и войска, всё это время взывали: «Тенгри! Тенгри!»
На четвёртый день Чингис-хан вышел и объявил, что Вечно Синее Небо дарует ему победу.
Война началась. Это была долгая, изнурительная война: цзиньцы были хорошо осведомлены о намерении Чингис-хана и не позволили застать себя врасплох. Тем не менее многочисленная цзиньская армия была разбита и рассеяна за несколько месяцев благодаря тому, что монголы хорошо знали характер местности и, разделившись на несколько самостоятельных отрядов, нападали неожиданно, используя это знание. Большая часть цзиньского войска укрылась за неприступными стенами своей столицы Енкина. Монголы, не умеющие пока штурмовать крепостей, увязли в осаде.
В одной из неудачных попыток штурма Чингис-хан был ранен. Его армия тут же сняла осаду Енкина и была отведена за Великую стену. Но она не вернулась в степи, оставшись в северном Китае. Пополнив личный состав и отдохнув, в следующем году монголы опять стали готовиться к походу на цзиньцев.
Чингис-хан учёл ошибки прошлой кампании и воевал, обогащённый опытом. К городам, сдававшимся на милость победителя, он проявлял милосердие. Благодаря этому его армия стала увеличиваться за счёт примыкавших к ней местных народов — киданей, чжурчженей и даже самих цзиньцев, военачальникам которых монголы даровали своё благорасположение. Однако столица северного Китая, Енкин, всё так же была неприступна, а осаждённым в ней войскам большую помощь оказывали цзиньские отряды, подходящие с юга, и их союзники из южного китайского царства Сунь. Так продолжалось пять лет.
И вдруг на подмогу цзиньцам пришёл новый грозный союзник. Имя его было: моровая язва. Невидимая и беспощадная, она прошлась по рядам монголов со своей косой, выкашивая их сотнями. Кроме того, наступила засуха, и монгольская конница рисковала остаться без корма. Кобылы перестали приносить жеребят. Положение армии Чингис-хана стало угрожающим.
Однако цзиньские военачальники уже до такой степени прониклись уважением к монгольским войскам и страхом перед их непобедимостью, что, даже объединённые, они не решились напасть на них, стоявших лагерем вокруг Енкина. Император царства Цзинь предложил Чингис-хану перемирие, пообещав богатый выкуп и в жёны принцессу из императорского дома. Чингис-хан вынужден был согласиться на это предложение, и монгольское войско, унося с собой несметные сокровища, потянулось в родные края. Однако, не успев отойти далеко, он узнал, что цзиньцы, возглавляемые сыном императора, подняли восстание и перебили в северных городах оставленные там монгольские гарнизоны. Немедленно монгольское войско вернулось, чтобы навести порядок.
Эта война оказалась бесконечной, при том, что к завоеванию сильного южного Китая, где правила династия Сунь, Чингис-хан так и не смог приступить до самой своей смерти. Отступая же из северного Китая, он имел в виду не только возможность набраться сил, но и ещё одно важное обстоятельство: угрозу монгольской империи с Запада.
Хан Кушлук, скрывшийся в кара-китайском государстве, сумел захватить в нём власть и теперь представлял серьёзную опасность. Тем более, что он желал отомстить монголам за позор своего поражения. Хана Кушлука нужно было уничтожить. И к тому же произвести разведку боем — выведать как можно больше о соседней с кара-китайской империи султана Мухаммеда, прозываемого Хорезмшахом. Для этого заранее к Мухаммеду было отправлено посольство с такими словами от Чингисхана: «Ты — властитель Запада, как я — властитель Востока. Я буду рад установлению между нами дружеских отношений и торговле между нашими народами».
Одновременно с этим войска под управлением всё тех же Джебе и Субэдея нападают на Кара-китай с двух направлений и наголову разбивают хана Кушлука, который гибнет в горах Гиндукуша, преследуемый монголами. К империи Чингис-хана присоединяются земли, на западе граничащие с Уралом, а на юге примыкающие к империи Хорезмшаха.