Отступление из бухты Суда привело к необходимости спасать множество мелких кораблей, находившихся там после отступления из Греции. Особенно отличились в боях корвет «Сальвия» (капитан-лейтенант Дж. И. Миллер) и тральщик «Ланнер» (шкипер У. Стюарт), которые выполняли свои опасные обязанности «бесстрашно и решительно». Совершенно ясно, что все корабли охраны водного района на Крите проявили те же качества при постоянных бомбежках и обстрелах с воздуха. Кроме торпедных катеров, упомянутых ранее, «Сальвии» и «Ланнера», там находились тральщики «Уиднесс» (капитан-лейтенант Р.Б. Чандлер), «Дерби» (лейтенант Ф.К.И. Брайтмен), траулер «Мунстоун» (капитан-лейтенант П.Дж. Бриттен), 4 южноафриканских китобойца «Сиверн» (капитан-лейтенант Р.Э. Кларк), KOS-21 (капитан-лейтенант И.Г. Уилсон), KOS-22 (лейтенант Г.Д. Фокстон), KOS-23 (капитан-лейтенант Л.Дж. Рейд) и 3 моторных катера ML-1011 (лейтенант Э.Г. Блейк), ML-1030 (лейтенант У.М.О. Кукси), ML-1032 (лейтенант Э.Н. Роуз). Там же находились 3 лихтера типа «А» под командой лейтенанта Б.У. Уотерса, используемые для перевозки грузовиков, легких танков и прочей техники.
В полночь 26 мая всем оставшимся кораблям было приказано покинуть бухту Суда и следовать вокруг западной оконечности острова в Александрию. ML-1011 уже ушел, хотя на следующий день был потоплен вместе с драгоценной рацией. Из двух остальных моторных катеров ML-1032 выдержал 20-минутную схватку с самолетом и благополучно прибыл в Александрию. Но ML-1030 был потоплен в 15 милях западнее острова Гавдопуло. Экипаж катера перебрался на резиновую лодку под пулеметным огнем и 20 часов болтался в море. Лодка тащила за собой спасательный плотик, борясь с сильным волнением. Прибыв на остров, моряки залатали пулевые пробоины в лодке и совершили 20-мильный переход до Крита, прибыв в Сфакию. «Сальвия», «Мунстоун», «Дерби», «Уиднесс» и KOS-23 были 20 мая уведены из Суды для действий в других местах. Последние 2 корабля были потоплены авиацией.
Из своей импровизированной штаб-квартиры, которую вдобавок приходилось делить с Фрейбергом, Морзе послал в район базы грузовик, чтобы забрать, что еще можно было вывезти. Грузовик был обстрелян самолетами, капитан-лейтенант И.Дж. Робертсон был серьезно ранен, а матрос Симонит погиб.
27 мая в 21.00 Морзе приказал уничтожить узел связи, а переносные рации погрузить на машину и отправить в Сфакию. В 22.00 маленькая группа грузовиков забрала Фрейберга, Морзе, их штабы и отправилась в Сфакию. Продвижение по единственной узкой горной дороге было медленным и трудным. Постоянная тряска вывела из строя рацию, и ее пришлось выбросить. Штабы отступающих войск потеряли связь со штабом Средневосточного Командования и штабом Средиземноморского флота в Александрии. Морзе знал, что сохранилась еще одна рация, которая ранее принадлежала КВВС и уже была отослана в Сфакию. Она отыскалась в пещере примерно в миле от Сфакии. К 10.00 в среду 28 мая эта пещера стала последней штаб-квартирой британского командования на Крите. Радиосвязь со штабами в Александрии была восстановлена. Фрейберга теперь больше всего заботила проблема отрыва от противника и организация наиболее быстрой погрузки. Он сомневался, что генерал Уэстон сумеет сдержать наседающего врага больше 2 дней. Однако в среду 28 мая 5-я новозеландская бригада провела успешный арьергардный бой в Стилосе, в 7 милях по горной дороге из Суды в Сфакию. В тот же день коммандос и 2/8-й австралийский батальон отбили 2 атаки 85-го горно-егерского полка в Рабали Хани, в И милях от Суды. Они успешно использовали один из оставшихся танков Mark.I и смогли продержаться целый день на отлично выбранной позиции, которая помешала немцам эффективно использовать их артиллерию. Таким образом коммандос заблокировали дорогу в Сфакию и Ретимо, так как дорожная развилка на эти два города находилась в 4 милях позади них.
Изолированные узлы сопротивления были раздавлены немцами еще до этих боев. Однако на узкой горной тропе можно было не опасаться, что такое случится с арьергардом. Несколько контратак коммандос в сумерках окончательно отбили у немцев охоту атаковать ночью. Следует отметить, что отсутствие воздушной поддержки в этой холмистой местности лишило немцев мощной опоры, которой они пользовались ранее.