Одним из крупных свершений Н. С. Капчука, как старосты собора явилось расширение пространства главного алтаря. При сооружении в XIX веке здания Богоявленской церкви по проекту архитектора Е.Д. Тюрина, из-за отсутствия средств или времени не была выстроена алтарная апсида. Помещение алтаря по этой причине было столь тесным, что при большом стечении архиереев и священнослужителей проводить праздничные богослужения в нем было затруднительно. 27 апреля 1971 года Главное архитектурно-планировочное управление Москвы посчитало возможным разрешить «Московской Патриархии за счет её средств завершение работ по зданию памятника архитектуры – Богоявленскому собору (пл. Баумана, 15), не законченных архитектором Е.Д. Тюриным в начале XIX века, при условии согласования проекта их завершения с Инспекцией по государственной охране памятников г. Москвы».
Но согласование проекта реконструкции здания храма затянулось, и не в последнюю очередь из-за противодействия проведению работ чиновников Совета по делам религий, стремящихся не допустить улучшения условий проведения богослужений в крупнейшем храме города. Николаю Семеновичу Капчуку пришлось приложить немало усилий, чтобы сломить сопротивление властей и чуть ли не втайне начать инженерно-строительные работы. К началу 80-х годов XX века алтарная апсида была построена, и восточный фасад здания получил достойное завершение, архитектурно соответствующее оформлению ризалитами северного и южного фасадов храма.
В 70-х годах была расширена солея у иконостаса главного алтаря, устроено металлическое ажурное ограждение кафедры и солеи, настлан мраморный пол. Для размещения больших соборных хоров был сооружен центральный балкон, а боковые балконы значительно расширены и соединены между собой коридором внутри чердачного помещения. Был оборудован и малый хоровой балкон в трапезной для удобства совершения треб. В подвале заново смонтировали калориферное отопление, в здании оборудовали два пассажирских лифта, провели радиотрансляцию богослужения в помещение трапезной части. Под наблюдением ктитора постоянно проводились работы по реставрации и укреплению настенной живописи, резьбы и позолоты иконостасов и киотов, приглашались специалисты для поновления икон. Был изготовлен в 1969 году запрестольный образ витраж «Воскресение Христово» – для главного алтаря собора. На трех этажах основного здания храма и над трапезной были сооружены ризница, реставрационные мастерские и служебные помещения.
К празднованию юбилея 1000-летия крещения Руси, (посвященному воспоминанию события крещения киевским князем Владимиром киевлян в водах Днепра), было получено разрешение властей на капитальные работы по реставрации фасадов, кровель, церковной ограды, фресковой живописи на внешней стороне стен, позолоте куполов. Была значительно благоустроена территория вокруг храма. Два старых здания к северу от храма (богадельни и причта) были освобождены от жильцов и переданы под церковные нужды. Эти постройки вскоре приобрели нарядный и строгий вид, соответствующий архитектурному стилю эпохи их строительства.
За большой вклад в становление епархиальной жизни Москвы, в сохранение памятника истории и культуры России – Богоявленского кафедрального собора, за труды на благо Русской Православной Церкви Николай Семенович Капчук удостоен множества наград: орденов прп. Сергия Радонежского трех степеней, св. равноапостольного князя Владимира трех степеней, св. благоверного князя Даниила Московского 2-й степени, прп. Андрея Рублева 2-й степени, наград Поместных Православных Церквей и светской награды – ордена Дружбы.
В 1990 году по инициативе мирян, поддержанной протопресвитером Матфеем Стаднюком и Николаем Семеновичем Капчуком, у главного входа на стене храма была установлена мемориальная доска в память о крещении в Елоховской церкви 8 (19) июня 1799 года А.С. Пушкина.
В дни политического кризиса власти в стране и вооруженного противостояния конфликтующих сторон, в воскресенье 3 октября 1993 года Святейший Патриарх Алексий II вместе с членами Священного Синода и при многочисленных богомольцах совершил в Елоховскомкафедральном соборе Божественную литургию и молебен перед чудотворной Владимирской иконой Божией Матери. Этот образ по специальному разрешению гражданских властей был доставлен под вооруженной охраной из Государственной Третьяковской галереи. Предстоятель коленопреклоненно прочитал перед иконой молитву свт. Тихона «О спасении Державы Российския и утолении в ней раздоров и нестроения», составленную им в годы революционного лихолетья.