8 февраля 1918 года прихожане Богоявленского храма удостоились великого духовного утешения: храм принимал в своих стенах чудотворный образ Божией Матери «Державная», принесенный крестным ходом из подмосковного села Коломенского. 2 марта 1917 года, в день отрешения от трона Императора Николая II, образ Царицы Небесной был чудесно явлен в церкви в честь Казанской иконы Богоматери села Коломенского. Обретение иконы было воспринято верующими как проявление милости Божией к страждущему русскому народу во времена тяжелых испытаний. С той поры святая икона пребывала в Казанском храме лишь в воскресные и праздничные дни, а в остальное время по многочисленным просьбам верующих ее обносили по окрестным селам, привозили в монастыри и храмы, дома москвичей, учреждения, фабрики и заводы.
В Богоявленском храме чудотворный образ был встречен Святейшим Патриархом Московским и всея России Тихоном, который в тот день служил здесь литургию вместе с управляющим Московской епархией архиепископом Коломенским Иоасафом (Калистовым) и известным миссионером епископом Камчатским Нестором (Анисимовым). За богослужением пел Патриарший хор, а для богомольцев, переполнивших обширный храм, Первосвятитель произнес поучение. В доме церковного старосты В. Я. Герасимова напротив храма (Елоховская ул., 16) в честь Святейшего Патриарха Тихона был дан обед.
В 30-е годы территория Богоявленского храма была ограничена лишь узкой полосой дорожки вокруг здания церкви. Ограда со стороны Спартаковской (Елоховской) и Красносельской улиц была разобрана. Строения богадельни и дома причта, бывшие внутри церковной ограды были переданы районному жилищному отделу и до предела населены жильцами.
Учитывая общемосковское значение Богоявленского храма, неподалеку была устроена резиденция Патриаршего Местоблюстителя. А после закрытия в 1938 году Богоявленского Дорогомиловского Кафедрального Собора кафедра Патриаршего Местоблюстителя была перенесена в Елоховский храм и он получил статус Кафедрального Собора.
Фашистская Германия напала на Советский Союз 22 июня 1941 года в день Всех святых, в земле Российской просиявших. В тот день в Богоявленском соборе служил литургию митрополит Сергий (Страгородский). Вернувшись к себе в митрополичий дом в Бауманском переулке, владыка узнал о начале войны. Сразу же уединившись в своем кабинете, он написал и отпечатал на Пишущей машинке «Послание пастырям и пасомым Христовой Православной Церкви». Это послание было размножено и разослано по всем уголкам страны. «…Не в первый раз приходится русскому народу выдерживать такие испытания, – писал Митрополит Сергий, – с Божией помощью и на сей раз он развеет в прах фашистскую вражескую силу… Церковь Христова благословляет всех православных на защиту священных границ нашей Родины. Господь дарует нам победу». В январе 1942 года Богоявленский Собор внес 300000 рублей пожертвований на оборону Отечества, а в феврале того же года – ещё 215000 рублей на подарки бойцам Красной Армии. Всего же, за период с июня 1941 по июль 1944 годов в Фонд обороны от Елоховского собора были перечислены, от имени духовенства и верующих, 835900 рублей и на подарки бойцам Красной Армии – 535100 рублей.
С Богоявленским собором связана жизнь и деятельность всех последующих Предстоятелей Русской Православной Церкви. Здесь проходили интронизацию на патриарший престол первосвятители Русской Церкви Сергий (Страгородский), Алексий (Симанский), Пимен (Извеков). 18 мая 1944 года в Николаевском приделе Богоявленского собора был похоронен Святейший Патриарх Сергий (Страгородский). А в 1949 году над могилой его была сооружена мраморная гробница, выполненная знаменитым русским архитектором А. В. Щусевым.
В 70-е годы началось время относительной стабильности в церковной жизни. 9 июня 1978, года указом Святейшего Патриарха Пимена, настоятелем Богоявленского Патриаршего собора, с возведением в сан протопресвитера был назначен Матвей Савич Стаднюк. Достойным помощником отца Матфея в административно-хозяйственном управлении жизнью прихода стал староста (ктитор) Богоявленского собора Николай Семенович Капчук. На это ответственное послушание Н.С. Капчука благословил в 1969 году Святейший Патриарх Алексий I, который ценилего старание и исполнительность.