2 марта 1993 года Правительство Москвы издало Постановление №166 «Об использовании зданий по Елоховской ул., 13 и по Елоховской ул., 16, стр.1». В нём говорится, что «в целях скорейшего формирования Центра милосердия при Богоявленском кафедральном соборе, правительство Москвы постановляет: Передать в безвозмездное, долгосрочное пользование приходскому совету Богоявленского кафедрального собора в Елохове здание памятника архитектуры (Елоховская ул.,13) общей площадью 371 кв.м и помещения в здании по Елоховской ул., 16, стр.1 общей площадью 952 кв.м, освобождаемые в связи с отселением проживающих в них граждан».
Храму были переданы строения 4–6 дома №33 по Бакунинской улице. В строении 4 исторически размещалась квартира настоятеля Богоявленской церкви.
Благодаря неустанной заботе ктитора Н.С. Капчука о благоустройстве прилегающей к храму территории был приведен в порядок участок церковного погоста, и проведена реконструкция жилых корпусов в ограде церкви. В переданных помещениях в ограде храма был сооружен и освящен храм во имя св. Василия Блаженного для совершения таинства Крещения. В тех же корпусах были размещены трапезная для приема гостей, столовая для обслуживающего персонала, просфорня, склады и гараж. На месте снесенных ветхих построек с северной стороны храма было оборудовано постоянное место для освящения и раздачи святой воды с мозаичной иконой Богоявления и навесом.
4 февраля 2003 года Департамент имущества г. Москвы выпустил Распоряжение №479–р «Об использовании нежилого помещения в стр.1 по ул. Спартаковская, д.16», в котором говорится, что в целях компенсации Православному приходу храма Богоявленского Кафедрального Собора помещений за ранее снесенные церковные дома во владении №12–14 по улице Спартаковская передать в аренду сроком на 10 лет помещение в стр. 1 (первый этаж, пом. II, комн. 1–13) по ул. Спартаковская, д. 16 общей площадью 206,1 кв.м под уставные цели». При этом, в переданном доме №16, стр.1 по Спартаковской (Елоховской) улице всё ещё находятся арендаторы города, занимающие 700 кв. метров площадей, предназначенных для нужд Богоявленского кафедрального собора.
Фактически, помещения в доме №16 по Спартаковской (Елоховской) улице и в строениях дома №33 по Бакунинской улице временно переданы храму взамен многочисленных строений и земельных владений, принадлежавших Богоявленскому храму до 1917 года, а именно: четырёх участков со строениями по Красносельской улице, общей площадью 1856 кв. саж., участка с каменным домом, завещанных купчихой Е.А. Селезнёвой, мерою 496 кв. саж. и участка с домом, завещанных купцом А.А. Калининым, мерою 259 кв. саж.[1]
(ЦИАМ, ф. 2126, оп.1, д.1137, лист 46, 46об). Это несоизмеримо меньше, чем Богоявленский храм имел в своей собственности до 1917 года. К тому же, переданные в бессрочное владение строения могут в любой момент быть отобраны у Богоявленского собора для нужд города.Поэтому, находясь под постоянной угрозой потери переданных городом площадей, Богоявленский собор не может воплотить все свои планы по программе социального служения. И такое положение дел продолжается по сегодняшний день, несмотря на искреннее желание нынешнего руководства России всесторонне содействовать возрождению Русской Православной Церкви. По этому поводу, 10 июня 2005 года Президент РФ Владимир Путин на встрече с Патриархом Московским и всея Руси Алексием II, посвященной 15-й годовщине его интронизации сказал: «Российское государство всё ещё в долгу перед Церковью… государство и дальше будет действовать, помогая и поддерживая религиозные организации в их служении людям».
В октябре 2008 исполнится 155 лет со дня освящения главного престола соборного храма Богоявления, что в Елохове. В 2003 году к 150-летию этого события по благословению Святейшего Патриарха Алексия II юбилейные празднества были отнесены на день 19 декабря – день памяти свт. Николая Чудотворца.
В канун юбилея священнослужители храма обнаружили на массивном основании семисвечника, установленного с восточной стороны престола, памятную надпись: «Сооружен усердием Михаила Ивановича Коровина. 1903 год, 20 декабря. Весу 12 пуд. 20 фунтов». Так, явленная ровно через 100 лет, памятная надпись поведала потомкам о богатых духовных традициях прихожан Богоявленской церкви, заботившихся о благоукрашении храма своими пожертвованиями.