К моменту рассмотрения дела Засулич уже отгремели судебные процессы над группой рабочих и интеллигенции, объединившихся в тайное общество с целью пропаганды революционных идей в рабочей среде («Процесс пятидесяти») и участниками «хождения в народ», состоявших в разрозненных революционных кружках, но волею обвинителей собранных на одной скамье подсудимых («Процесс ста девяноста трех»). В ходе рассмотрения этих дел в Особом присутствии Сената у обвинителей уже возникали сложности с недостатком доказательств против некоторых подсудимых, что привело к их оправданию. В условиях контролируемого судебного процесса оправдательный приговор расценивался как бедствие для полицейской системы империи, но в этих делах оправдание выступало необходимой жертвой в угоду видимой справедливости суда и исправления абсурдной ситуации.
Все нити управления судебными и прокурорскими учреждениями стягивались к министру юстиции графу К. И. Палену. На посту главы ведомства он сменил князя С. Н. Урусова, короткое пребывание которого в должности министра юстиции наметило тенденцию к ограничению достижений его предшественника Замятнина, организатора и активного сторонника великой судебной реформы. Князь Урусов выступил своего рода проводником между «замятнинским» временем масштабных судебных преобразований и «паленским» периодом их постепенного сворачивания. Отношение Палена к главному пореформенному достижению — суду присяжных — ярко иллюстрировали строчки его современника, поэта и писателя А. К. Толстого:
Министр юстиции создал вокруг себя надежную систему контроля за ведением судебных дел. Он инициировал назначение лучших прокуроров на слушания наиболее резонансных дел. При личном или опосредованном общении с председательствующим судебного заседания, членами Особого присутствия Сената и иными участниками процесса он обсуждал желаемые варианты исхода судебного спора. В ряде случаев Пален допускал откровенный подлог доказательств и передергивание фактов. Это, однако, не мешало ему приближать к себе достойных людей, выступающих за неукоснительное соблюдение принципов и подходов, заложенных во времена судебных преобразований. Стремясь услышать голос «судебной совести», Пален перевел в столицу на тот момент товарища прокурора Харьковского окружного суда, а в будущем знаменитого судебного деятеля и сенатора А. Ф. Кони. На глазах последнего разворачивались события, предваряющие покушение Засулич на петербургского градоначальника Трепова. Впоследствии Кони удивительным образом сыграл важнейшую роль в этом громком деле.
Истинная история события началась задолго до собственно покушения. 13 (25) июля 1877 года при посещении дома предварительного заключения Трепов приказал высечь розгами арестанта, не снявшего в его присутствии шапки. Жертву звали Архип Емельянов, но на тот момент он скрывал свое настоящее имя под псевдонимом А. С. Боголюбов.
Участники подпольных кружков часто брали себе вымышленные имена для конспирации. Будучи студентом, Емельянов-Боголюбов влился в ряды второго состава революционной организации «Земля и воля» и активно участвовал в ее деятельности. За полгода до случая в арестантском доме Боголюбова задержали на массовой политической демонстрации рабочих, студентов и интеллигенции на Казанской площади столицы. По итогам судебных процедур он получил 15 лет каторжных работ. Перед отправкой на каторгу Боголюбов содержался в доме предварительного заключения, где в тот злосчастный день во время прогулки в арестантском дворе попался на глаза петербургскому градоначальнику. Приказ Трепова и последовавшее наказание вызвали возмущение заключенных, ставших невольными свидетелями свершившегося беззакония.
В своих воспоминаниях Кони приводил подробное описание этого инцидента, запустившего механизм преступления: