На сторону защиты был определен присяжный поверенный Александров. Он всего за пару лет до дела Засулич перешел в адвокатуру с прокурорского поприща, но уже успел поучаствовать защитником в «процессе ста девяноста трех» и ряде других судебных разбирательств. За столь короткое время он зарекомендовал себя сильным судебным представителем, владеющим незаурядным ораторским мастерством. Позднее публицист и издатель Б. Б. Глинский так охарактеризовал его судебные качества:
Но самый большой удар постиг Палена, когда он не получил гарантий осуждения Засулич от председательствующего суда, коим был утвержден его бывший подчиненный по министерству юстиции, а ныне глава Петербургского окружного суда Кони. На министерской службе Кони и Пален нередко придерживались противоположных взглядов, что провоцировало неприятие позиции собеседника и споры на почве взаимного непонимания. Со временем атмосфера только накалялась. Кульминацией стал их разговор в тот злосчастный день, когда случились события в доме предварительного заключения. В ходе обмена колкостями Пален высказал свое отношение к поступку Трепова и раскрыл свою причастность к нему:
«Надо послать пожарную трубу и обливать этих девок холодной водой, а если беспорядки будут продолжаться, то по всей этой дряни надо стрелять! Надо положить конец всему этому […] я не могу этого более терпеть, они мне надоели, эти мошенники!»
После этой перепалки отношения Кони и Палена стали предельно нетерпимыми, рабочие контакты свелись к кратким докладам и передаче документов. Узел взаимных претензий окончательно затянулся, когда Пален фактически отказал Кони в логичном для него назначении на освободившуюся должность директора департамента. Тем временем Кони ожидал возможности перейти на желаемое им судебное поприще, и, наконец, в декабре 1877 года он был назначен председателем Петербургского окружного суда. По воле случая выстрел Засулич произошел в тот же день, когда Кони принимал дела на своей новой должности. Чуть более чем через два месяца после вступления в должность ему уже предстояло рассматривать это дело в открытом заседании, став одним из вершителей судебной истории страны.
Получив назначение председательствующим на процесс Засулич, Кони испытал немалое давление со стороны министра юстиции. Пален хотел получить заверения в том, что новоиспеченный судья, пользуясь своим положением, повлияет на присяжных заседателей. Кони решительно отверг всякое воздействие, сравнив роль судьи с ношением святых даров: