Первый допрос Богрова произошел непосредственно в день покушения, и на этом допросе он признал вымышленность «Николая Яковлевича» и «Нины Александровны». На следующий день, на втором допросе, Богров признал себя виновным в покушении на жизнь Столыпина, подчеркнув отсутствие политических мотивов в совершенном преступлении:
«Я не признаю себя виновным в том, что состоял участником преступного сообщества, именующего себя группой анархистов и имеющего целью своей деятельности насильственное ниспровержение установленного Основными законами образа правления, но признаю себя виновным в том, что, задумав заранее лишить жизни председателя Совета министров Столыпина, произвел в него 1-го сентября сего года два выстрела из револьвера браунинга и причинил ему опасные для жизни поранения, — каковое преступление, однако, совершено мною без предварительного уговора с другими лицами и не в качестве участника какой-либо революционной организации.»
7 (20) сентября 1911 года был подготовлен обвинительный акт по делу Богрова, который вобрал в себя все собранные к тому времени доказательства виновности обвиняемого: показания Богрова, Кулябко, Веригина, Спиридовича и других свидетелей, мнение врачей-экспертов, протоколы осмотров места происшествия, тела убитого и вещественных доказательств. В нем содержались некоторые подробности преступления, в частности, сведения о попадании пули в орден Св. Владимира:
Дело было передано на рассмотрение не общегражданского, а военного суда. Причиной этого послужило то, что в связи с посещением императором Киева в прилегающих губерниях было введено исключительное положение в соответствии с требованиями Положения о мерах к охранению государственного порядка и общественного спокойствия 1881 года. В этом случае по распоряжению генерал-губернаторов дело может быть передано на рассмотрение военного суда,
При допросе в судебном заседании Богров неожиданно существенно изменил и дополнил свои показания, данные им на досудебной стадии. Первоначально на следствии мотивами покушения Богров называл то, что Столыпин в его глазах был
«…около 15 августа явился ко мне один анархист, заявил мне, что меня окончательно признали провокатором и грозил об этом напечатать и объявить во всеобщее сведение. Это меня страшно обескуражило, так как у меня много друзей, мнением коих я дорожил. Мне представили такие улики, которых я не мог опровергнуть, а затем предложили, если я хочу избежать опубликования моих поступков, совершить террористический акт. Сначала мне предложили убить Кулябку, потом Государя и, наконец, Столыпина, указав конечный срок для выполнения этого акта — 5 сентября.»
Далее, по словам Богрова, он долго сомневался и до последнего не мог выбрать свою жертву: