В Константинополе сначала отказывали в этом, а потом, под давлением угроз со стороны литовского правительства, начавшего переговоры с Римом, греки уступили. Тогда и являются особые митрополиты в Галиции с 1303 года и в Литве с 1316 года. В 1370-х годах митрополитами были Алексей в Москве, Киприан в Литве и Антоний в Галиции, принадлежавшей тогда Польше. Но греки, считая, что через одного человека легче влиять на дела русской церкви, пользуются всякой возможностью, чтобы восстановить единство русской митрополии. В 1408 году великий князь литовский Витовт настаивал на посвящении отдельного митрополита в Литву и указывал на греческого епископа Феодосия, как на желательное для него лицо. Но в Константинополе посвятили в митрополиты для всей Руси Фотия, тоже грека. Митрополит Фотий стал жить в Москве. Недовольный таким исходом дела, Витовт принялся хлопотать, чтобы митрополитом в Литву был назначен Григорий Цамбвлак, но патриарх отказался исполнить просьбу Витовта. Тогда Витовт заставил русских епископов Литвы избрать митрополитом Григория без всякого сношения с патриархом. Московский и всея Руси митрополит отлучил тогда Григория и избравших его архиереев от церкви и запретил иметь с ними какое бы то ни было общение, даже в пище. В своих посланиях митрополит Фотий проводил неуклонно одну мысль: единственный источник истинной веры есть константинопольская церковь, изливающая свет веры на Русь через одного митрополита, которому обязаны повиноваться князья, епископы, духовенство и народ.
Но вот, в поисках защиты от турок, все более и более теснивших Византию, греческое правительство и духовенство начала XV века вошли в тесное сношение с Римом и возбудили вопрос о соединении церквей восточной и западной. В 1439 году в городе Флоренции был созван собор, которому и было поставлено задачей установить соединение церквей. Только что назначенный из Константинополя русский митрополит Исидор, побыв немного в Москве, начал собираться во Флоренцию к тем самым «нечестивым латинянам», пребывание и всякое общение с которыми сами греки учили русских считать грехом. Исидор на соборе подписал соглашение о соединении церквей. С этим он вернулся в Москву, но его здесь встретили сурово, и Исидор принужден был бежать в Рим.
Этот случай послужил предлогом для московского правительства порвать всякую зависимость русского духовенства от Константинополя. Патриархи, разделявшие флорентийское соглашение, не были признаны в Москве. По повелению великого князя, собор великорусских иерархов избрал в митрополиты всея Руси рязанского епископа Иону. Патриарху было сообщено об этом особой грамотой, где говорилось, что избрание совершилось «не из дерзости или гордости, а по нужде», испрашивалось патриаршее благословение новому митрополиту, но настоятельно давалось понять патриарху, что в Москве намерены и впредь поступать в вопросе избрания митрополитов так же. Видя настойчивость и решимость московского правительства, патриарх, после некоторых колебаний, пошел на уступки и в 1448 году дал русским епископам право поставлять митрополита из своей среды и признал его первым после патриархов.
Одновременно с избранием великорусскими архиереями в митрополиты св. Ионы, в Литве утвердился митрополитом некто Григорий Болгарин, поставленный патриархом, признававшим флорентийское соглашение. Впоследствии митрополит Григорий отрекся от этого соглашения и открыл собою непрерывный ряд митрополитов южнорусских, имевших кафедру в Киеве.
Взятие Константинополя турками (1453) произвело сильное впечатление на Руси. Митрополит Иона в своем послании о падении «богохранимого града» причиной этого бедственного несчастия назвал то, что греки не соблюдали благочестия, и за это Господь покарал их. Москва, которая в это время заканчивала объединение в своих пределах всей Великороссии, оказалась единственным на свете независимым православным царством, да еще победившим мусульман, свергнувшим татарское иго, в то время как мусульмане-турки овладели православной Византией. Московский великий князь сделался как бы наследником власти и значения византийских императоров, охранителем и защитником православия. Со времени Ивана Грозного государи всея Руси стали называться царями, как до того звали на Руси только византийских императоров. Москву русские книжники тех времен величали «Третьим Римом». Конечно, вместе с таким возвышением Москвы возросло и значение русской церкви, ее духовенства и митрополита. Стало казаться неудобным, что митрополит всея Руси хотя и по имени только, но все-таки подчинен константинопольскому патриарху, подданному турецкого султана.