Иеремия после долгого разговора с боярином Годуновым согласился дать благословение, чтобы впредь быть патриаршеству всея Руси, а патриарху всея Руси «поставляться в Российском царстве от митрополитов, архиепископов и епископов по чину патриаршескому, а его бы, Иеремию, отпустил бы государь в Царьград».
На 17 января собралось все высшее духовенство русской церкви и приговорило, как быть великому делу избрания, наречения и посвящения патриарха всея Руси. 23 января государю от собравшегося в Успенском соборе высшего духовенства был представлен список тех, кого духовенство считало достойными высокого сана. Выбор государя остановился на Иове, митрополите московском. 26 января совершилось торжественное посвящение в сан нового патриарха московского и всея Руси.
Перед отъездом патриарха Иеремии ему была предложена для подписи особая уложенная грамота об учреждении на Руси патриаршества, писанная на пергаменте золотом и красной краской. В грамоте была подробно изложена вся история возникновения патриаршества, и в уста патриарха Иеремии вкладывались следующие речи. «Поистине, – говорил будто бы Иеремия, – в тебе, благочестивом царе, пребывает Дух Святой, и от Бога такая мысль тобою будет приведена в дело… Ибо Древний Рим пал апполинариевою ересью, а второй Рим, Константинополь, находится в обладании внуков агарянских безбожных турок; твое же великое Российское царство, Третий Рим, превзошло всех благочестием, и все благочестивые царства собрались в твое единое, и ты один под небесами именуешься христианским царем во всей вселенной, у всех христиан»…
В Царьград патриарх Иеремия был отпущен с богатыми дарами и наказом прислать утверждение московскому патриаршеству от всех восточных патриархов. В мае 1591 года такая утвердительная грамота и пришла в Москву. В ней патриарх Иов признавался в его достоинстве и постановлялось, чтобы и впредь быть на Руси патриархам; место же патриарху московскому и всея Руси определялось в сонме вселенских патриархов, как самому младшему, после иерусалимского, т. е. пятое. Первое место принадлежало константинопольскому патриарху, духовному владыке царствующего града, второе – судии вселенной, патриарху александрийскому, третье – антиохийскому, четвертое – иерусалимскому.
Новый высокий сан необычайно поднял в глазах всех русских людей главу духовенства великого Российского царствия. Судьба судила первому патриарху выступить во главе государства, когда после кончины бездетного царя Федора Ивановича возник вопрос об избрании ему преемника. Патриарх Иов стоял за избрание в цари Бориса Годунова. В Смутное безгосударное время вдохновителем освободительного движения был патриарх Гермоген. При царе Михаиле Федоровиче патриархом был отец государя, митрополит Филарет, в миру боярин Федор Никитич Романов. Патриарх Филарет стал зваться великим государем и соправителем, а на деле был настоящим правителем государства и принимал постоянное участие в делах, присутствовал на всех приемах и аудиенциях царя, и без его решающего слова ничего в правительстве не делалось. Придворный штат патриарха Филарета по своему блеску соответствовал штату царского дворца. Все люди, живице на землях патриарха или подчиненные ему, судились только у патриарха, у его патриарших бояр, и были освобождены от всех казенных сборов. Для ведения церковных дел был учрежден особый Патриарший приказ, подведомственный только патриарху. В делах церковных и по своему влиянию на дела управления государством патриарх Филарет действительно, а не по имени только, был великим государем.
Возвышение патриаршества при Филарете отразилось и на его преемниках. Богомольный царь Алексей необыкновенно чтил патриарха. При встречах с патриархом Иосифом он всегда, принимая от него благословение, земно кланялся ему. Когда царю Алексею доложили о кончине патриарха Иосифа, то он горько заплакал. «На нас (т. е. на царя и его приближенных) такой страх и ужас напал, – писал царь Алексей своему “собинному” другу, новгородскому митрополиту Никону, – что едва петь могли (весть пришла в церковь) и то со слезами, а в соборе у певчих и властей со страха и ужаса ноги подломились, ибо кто преставился? Как овцы без пастуха не знают, куда деваться, так и мы теперь, грешные, не знаем, где головы преклонить, потому что прежнего отца и пастыря лишились, а нового нет…»
Глава русского духовенства, патриарх московский и всея Руси правил всю духовную власть в Московском государстве, и его место было рядом с великим государем царем и самодержцем всея Руси. Весь двор и обиход жизни святейшего живо напоминали уклад жизни царского двора.