Задолго до окончания официального сорокадневного траура Марию и Босуэлла видели прогуливающимися вместе. Она решила, что может доверять ему, — возможно, это было логично с точки зрения безопасности, но политически крайне неразумно. Босуэлл принял командование над королевскими телохранителями, и с этого момента они всегда находились поблизости от Марии. Босуэлла тоже охраняли, когда он выходил на улицу. Разговаривая с незнакомцем, он всегда сжимал в кулаке рукоять кинжала.
Повсюду остро ощущалась атмосфера опасности и дурных предчувствий. Перед отъездом из Сетона Босуэлл поклялся, что если найдет авторов листовок, обвиняющих его в убийстве Дарнли, то омоет руки их кровью. По мере того как он привлекал все больше солдат для охраны королевы, обстановка при дворе Марии, всегда славившемся «веселостью» и непринужденностью, приобретала угрожающий и милитаристский характер.
7 марта, поздно ночью, Босуэлл тайно привел Мортона к Марии. Мортон принес извинения за свое участие в убийстве Риццио и помирился с ней; она, в свою очередь, смягчила условия его наказания и позволила вернуться ко двору. Теперь ситуация прояснилась. На вершине власти находились Босуэлл и Мортон. Их ближайшими союзниками были Хантли и Аргайл. Мейтланд пока принял сторону Босуэлла, оттесняя Морея. Аргайл пытался восстановить подобие нормального управления страной. Атолл ушел в тень — туда его намеренно выталкивал Аргайл.
Морея королева избегала. Немилость объяснялась тем, что он отказывался и присоединиться к Босуэллу и Мортону, и открыто выступить против них. На этот раз попытки подстраховаться сослужили ему плохую службу. Мария подозревала, что он является главным организатором взрыва, что не соответствовало действительности. Босуэлл и Мортон торжествовали, а Морей готовился к ссылке во Францию. Когда он наконец покинул страну, Босуэлл был вне себя от радости.
Шаг за шагом Босуэлл прибирал к рукам власть над всеми вооруженными отрядами. По его совету Мария уволила графа Мара с поста капитана Эдинбургского замка и заменила всех офицеров и артиллеристов на людей Босуэлла. Новым капитаном замка был назначен Джеймс Кокберн, лэрд Скирлинга, вассал Босуэлла. Мария также сделала его гофмейстером своего двора, таким образом объединив военную и гражданскую власть в Эдинбурге. В должности гофмейстера Кокберн заменил сэра Уильяма Мюррея, лэрда Туллибардина, известного сторонника Леннокса, брата которого подозревали в авторстве листовок с обвинениями Босуэлла. Тем не менее Босуэлл не доверял даже своим людям. Через месяц он сместил Кокберна с поста капитана замка, назначив вместо него сэра Джеймса Бальфура. И почти сразу же были сделаны большие запасы продуктов и боеприпасов, словно для подготовки к возможной осаде, и Босуэлл набрал новые отряды королевских телохранителей.
Мария еще не попала в полную зависимость от Босуэлла. Королева по-прежнему верила Мару, с которым она была в Аллоа и которому доверила сына, когда подозревала, что Дарнли и Ленноксы собираются похитить мальчика. Теперь она поручила Мару замок Стирлинг, и 20 марта принца Джеймса снова оставили под его охраной. Как будто Мария понимала, что должна поступить точно так же, как поступала ее мать, когда она сама была ребенком и когда лорды стали таить угрозу для ее жизни.
Затем королева написала Ленноксу, предложив выдвинуть обвинения против тех, кого он подозревает в убийстве Дарнли. Она обещала, что преступники будут осуждены по всей строгости закона, если присяжные признают их виновными. Первым в списке Леннокса значился Босуэлл, но на Марию это не произвело впечатления. Она ненавидела Леннокса, прекрасно понимая, что именно стремление его сына получить «брачную корону» стало причиной смерти Риццио. Она надеялась, что Босуэлл защитит ее, и в знак своей уверенности подарила ему старинные церковные облачения из золотой парчи, чтобы он сшил себе новую одежду. Позже Мария подарила ему часть испанских мехов своей матери, а затем лошадей и лучшую одежду Дарнли. Последний подарок был чрезвычайно наивным. Портной, перешивавший одежду для Босуэлла, заметил: «Это правильно и согласуется с обычаем нашей страны, когда одежда покойного отдается палачу». Мария не понимала, до какой степени общественное мнение отвернулось от нее.