Суд заседал более восьми часов. Сначала зачитали текст обвинения, в котором Босуэлл назывался ответственным за взрыв и за убийство Дарнли, но больше никаких свидетельств представлено не было. Затем последовало обсуждение процедурных вопросов. Леннокс не осмелился появиться на заседании. Он доехал до Линлитгоу в сопровождении трех тысяч сторонников, но не решился продолжить путь, когда ему сказали, что в Эдинбург он может взять с собой только шестерых. Его представляли два профессиональных адвоката, потребовавшие отложить слушания на сорок дней. Эту просьбу обсуждали довольно долго, но в конечном счете отклонили. Суд начался. Присяжные оправдали Босуэлла, а затем поспешно обезопасили себя от обвинений Леннокса в сознательно допущенной ошибке. Когда решение было принято, Аргайл и Хантли закрыли заседание суда.
Босуэлл ликовал. Он немедленно приказал вывесить на дверях Толбота объявление, в котором заявлял, что полностью очищен от обвинений в убийстве, и угрожал вызвать на дуэль всякого, кто с этим не согласен. Затем победитель вернулся в Холирудский дворец. Он считал себя неприкосновенным. Однако вскоре ему пришлось убедиться в своей ошибке: главным источником опасности теперь стало его оправдание. Леннокс уже не был угрозой, поскольку понял намек и бежал в Англию. Угроза исходила от других заговорщиков, к которым судьба не благоволила так, как к Босуэллу. Мортон, самый коварный из лордов, отказался присутствовать на суде. Его включили в число присяжных, однако он заявил, что хотя Дарнли «забыл о своем долге по отношению к нему, однако же он приходится ему родственником, и поэтому он предпочитает заплатить штраф в размере 100 фунтов».
Еще один злодей тоже прикидывал свои шансы выйти сухим из воды — сэр Джеймс Бальфур. После оправдания Босуэлла он чувствовал себя особенно уязвимым. Как бы то ни было, именно он приобрел порох, и его брат предложил Дарнли поселиться в бывшем доме настоятеля. Теперь он «со всей решимостью требовал такого же суда над собой». Когда Мария отказала, он переметнулся на другую сторону и поддержал тех лордов, которые уже выражали недовольство Босуэллом.
До поры до времени Бальфур скрывал свои намерения. У него не было желания вступать в прямую конфронтацию с Босуэллом. Однако он выставил у своего дома круглосуточную охрану. Он также приказал убить одного из своих слуг. Этот человек в ту ночь находился рядом с Кирк-о-Филд и был готов принять прощение и вознаграждение, предложенное Марией тому преступнику, который признается и назовет соучастников.
16 апреля Босуэлл вместе с Марией и лордами проследовал по Кэнонгейт по пути в парламент. Он нес королевский скипетр, Аргайл — корону, а граф Кроуфорд — церемониальный меч. Все обратили внимание, что он не позволил бейлифам Эдинбурга охранять Марию, как это было принято. Его влияние распространялось повсюду. Во время короткой поездки Марию охраняли ее аркебузиры.
Босуэлл также внимательно следил за всеми действиями парламента. Будучи протестантом, он в первую очередь обращался к своим единоверцам, продвигая Закон о религии, который после семи лет неопределенности ставил протестантскую церковь под защиту Марии. Закон не просто сохранял религиозное
Босуэлл щедро наградил своих сообщников. Мортон, Аргайл и Хантли получили подтверждение прав на земли своих предков, а Аргайлу даже досталась часть земель Дарнли. Себя Босуэлл тоже не забыл. Парламент одобрил передачу ему замка Данбар — вместе со всеми привилегиями — в качестве награды за то, что он помог Марии бежать после убийства Риццио. Затем он добился подтверждения и расширения своих наследственных прав как лорда-адмирала. И наконец, по его настоянию был принят Закон против изготовителей и распространителей листовок и биллей, явно предназначенный для того, чтобы помешать сторонникам Леннокса и дальше очернять имя Босуэлла.
19 апреля парламент завершил работу. В тот же вечер Босуэлл угощал лордов в таверне Эйнсли в Эдинбурге, где предложил им подписать договор. От них требовалось подтвердить его невиновность в убийстве Дарнли, объявить о своем желании защищать его от клеветы и, наконец, пообещать, что если Марии «случится» выбрать «Джеймса Хепберна, графа Босуэлла» в качестве будущего мужа, они поддержат его. «Договор таверны Эйнсли» был составлен в виде петиции к Марии: