Серьезной проблемой для Марии стал недостаток денег. Содержание, которое она получала как вдовствующая королева Франции, позволяло не экономить на личных расходах, и за все время ее правления налоги поднимались всего один раз, чтобы оплатить расходы на пиры и развлечения в честь крестин принца Джеймса. Однако до сих пор она ни разу не пыталась набрать армию без участия знати — даже во время «загонного рейда». Босуэлл хотел пригласить профессиональных наемников, пятьсот человек пехоты и двести кавалеристов, на что требовалось 5000 крон. Мария решилась на немыслимое. Чтобы собрать необходимую сумму, она сократила расходы своего двора. Опустошив буфеты, она отправила на монетный двор огромное количество золотых и серебряных блюд. В переплавку пошла даже купель из чистого золота, которую Елизавета подарила на крестины ее сына Джеймса. Из купели планировали начеканить монеты достоинством 3 фунта. По иронии судьбы, купель оказалась такой большой и тяжелой, что никак не хотела плавиться, и несколько попыток нагреть ее до нужной температуры ни к чему не привели.
6 июня Босуэлл вместе с Марией переехал из Холируда в замок Бортвик, чтобы укрыться от Мортона и других лордов, планировавших нападение. Они уезжали в такой спешке, что Мария успела взять с собой лишь самое необходимое: серебряный таз для умывания, серебряный чайник для воды, маленький шкафчик с замком для хранения документов, а также большой запас заколок для своих роскошных волос.
Босуэлл собирался укрыться в Хермитедже, но затем решил остановиться в хорошо укрепленном Бортвике, чтобы не уезжать далеко от Эдинбурга. У замка была одна самая простая трехэтажная квадратная башня. Толщина стен у основания составляла 13 футов, а наверху — шесть. С зубчатой башни с бойницами часовые могли видеть все, что происходит в радиусе двух миль. Расположенный в низине замок с трех сторон был окружен крутыми бастионами и рвом с водой. Попасть в него можно было только по подъемному мосту. Для захвата замка требовалась артиллерия, но снабжать его продовольствием и боеприпасами во время осады было трудно.
Вечером 10 июля, когда Босуэлл уже собирался лечь спать, лорды предприняли попытку нападения. Босуэлл незаметно выскользнул из замка через боковые ворота и помчался в Хаддингтон за подкреплением. Лорды призывали его выйти, кричали: «Предатель, убийца, мясник!» Когда нападавшие поняли, что Босуэлл их обманул, они начали осаду, став лагерем возле замка. Летом темнело поздно, почти в одиннадцать часов. Мария поднялась на крышу башни и, высунувшись в бойницу, вступила в словесную перепалку, обмениваясь оскорблениями с собравшимися внизу врагами. Она упорно настаивала на своей правоте. По словам Дрери, лорды обращались с «разными подстрекательскими и неподобающими речами против своей королевы и госпожи, слишком дурными и недостойными, чтобы бедная правительница могла ответить на них лишь словами, не использовав другие способы отмщения». Дрери испытывал почти священный трепет перед помазанной королевой и поэтому, написав эти слова, был настолько смущен, что несколько раз перечеркнул их.
Лорды отступили в окрестности Далкита и на следующий день с двумя сотнями солдат двинулись на Эдинбург. Подойдя к городу, они увидели запертые ворота, но маленький передовой отряд перелез через стену, открыл ворота Коугейт и занял город. Лорд-провост сдал город и, лорды захватили власть в Эдинбурге, а затем призвали к оружию народ:
Граф Босуэлл насильно захватил королеву и запер ее в замке Данбар, побудил Ее Величество к бесчестному браку после того, как получил развод с бывшей женой; он убил покойного короля, а теперь собирает войска, чтобы убить юного принца. Посему приказываем всем вассалам быть готовыми через три часа после получения приказа выступить в поход, чтобы освободить королеву и отомстить графу Босуэллу.
12 июня лорды собрали Тайный совет в Толботе и объявили Босуэлла «главным заговорщиком и убийцей нашего доброго короля и осквернителем тела Ее Величества». В сущности, это был квазисудебный вердикт, отменявший оправдание Босуэлла в убийстве Дарнли и открывавший путь к его «отстранению» или к «судебному поединку» на поле боя.