Захват Эдинбурга был главным достижением лордов. Хантли и его союзники попытались вернуть город, но были вынуждены укрыться в замке, где оказались под защитой сэра Джеймса Бальфура, нового капитана замка и ставленника Босуэлла. Но Бальфур совершил поворот, бесстыдный и гибельный для Марии — переметнулся на сторону противника. Он решил поддержать лордов конфедерации в обмен на обещание простить его участие в убийстве Дарнли. Обида и страх переполняли его с тех пор, как оправдали Босуэлла. Его предательство гарантировало, что Хантли останется в замке — возможно, это его устраивало, поскольку он уже сжег все мосты в своих отношениях с Босуэллом — до тех пор, пока не успеет помочь Марии и Босуэллу в решающей схватке.
Лорды конфедерации ликовали. Они ждали, что вскоре к ним присоединится Аргайл, армия которого превосходила армию любого из них. Тем временем Мортон позволил своим людям разграбить Эбби-Кирк и королевский монетный двор, где они забрали остатки золотых и серебряных блюд, ждавших превращения в монеты, а также купель, которую так и не удалось расплавить.
В этих стесненных обстоятельствах к Марии вернулась решительность и здравомыслие. Она словно стряхнула с себя пелену и снова стала собой. В ночь на 11 июня она бежала из замка Бортвик. Ей всегда нравилось переодеваться в мужскую одежду. Как сообщал Дрери, королева переоделась в мужское платье и поскакала верхом «в сапогах со шпорами… в ту же ночь из Бортвика в Данбар, где не знала никого, кроме милорда герцога [Босуэлла] и нескольких его слуг, которые встретили Ее Величество в миле от Бортвика и сопроводили в Данбар». Почти сразу же после прибытия в замок Босуэлл снова покинул его и направился в Мелроуз, чтобы встретиться со своими вассалами из «пограничного края». Они должны были составить основу его пехоты, однако на его зов явились не все. Дрери подкупил Эллиотов из Лиддесдейла — контрабандистов, которые в прошлом году подстерегли и ранили Босуэлла, — чтобы помешать им присоединиться к войску Марии. Это стало для Босуэлла тяжелым ударом. Но еще серьезнее было предательство Бальфура, потому что по его совету Мария, вероятно, в отсутствие Босуэлла, могла посчитать безопасным покинуть Данбар и вернуться в столицу.
13 июня лорды герольды прошли с барабанами по улицам Эдинбурга, чтобы собрать войско под своими знаменами для защиты принца — добровольцам предлагалась щедрое жалованье в размере 20 шиллингов в месяц. Когда наконец прибыл Аргайл со своими горцами, численность армии составила три тысячи человек.
На следующий день Мария нанесла ответный удар. Она выпустила воззвание, приказывая верным ей подданным собраться следующим утром у Масселборо, неподалеку от восточных ворот Эдинбурга. Чтобы подбодрить свое войско, она заявила, что через двадцать четыре часа будет в Эдинбурге или Лите. Затем во главе отряда из шестисот человек она поскакала в Хаддингтон, где к ней присоединился Босуэлл с двухтысячной армией. У Марии было всего две тысячи шестьсот человек, но по пути к ней присоединялись новые сторонники. Кроме того, у нее было преимущество в артиллерии — из оружейных запасов Данбара она взяла три или четыре бронзовые пушки.
Мария вела себя вызывающе. Она больше не обращала внимания на ограничения, которые накладывало на нее королевское звание. Волосы у нее были растрепаны, и она надела чужую одежду. По словам Дрери, Мария была «одета как все женщины Эдинбурга». На ней было «красное платье с рукавами, стянутыми шнурками, воротник с рюшами, бархатная шляпа и шарф». Капитан Инчкита — француз, состоявший на службе у Босуэлла, писал в своем дневнике, что Мария была в «красной юбке, едва доходившей до середины ног».
Мария и Босуэлл поскакали в Сетон, оставив войско ночевать в полях в окрестностях Престонпанса. Узнав об их приближении, лорды собрали свои отряды и ночным маршем двинулись на Масселборо. Командовали войском Мортон и Атолл. На их знамени, которое несли на двух копьях во главе колонны, был изображен мертвый Дарнли. Он лежал в саду под деревом, одетый в ночную сорочку, а рядом на коленях стоял ребенок, который со слезами говорил: «Рассуди и отомсти за меня, Господи!»
В пять утра следующего дня Мария и Босуэлл были уже в пути. Это было воскресенье, 15 июня, ровно через месяц после их венчания. На их знаменах красовались Андреевский крест и стоящий на задних лапах лев — символы св. Андрея, покровителя Шотландии и короны. Две армии сошлись у Карберри-Хилла, высокого гребня рядом с Инвереском, почти в двух милях к юго-востоку от Масселборо. Мария выбрала позицию приблизительно в миле к северо-западу от деревни Элфинстоун под защитой земляного укрепления, возведенного лордом-протектором Сомерсетом во время последней кампании «грубых ухаживаний». Миновав старый мост у Масселборо, лорды увидели армию Марии, укрепившуюся на возвышенности. Они прошли несколько миль вверх по течению реки Эск до деревни Каусленд, почти в двух милях к юго-востоку от Карберри-Хилла, где и остановились.