Марию раздирали противоречивые чувства. Теперь она ненавидела Босуэлла за предательство в деле убийства Дарнли. Она снова оказалась слишком доверчивой. Это был ее недостаток еще с юного возраста. Выйдя замуж за Босуэлла, она не преодолела раскол среди знати, а только углубила его. Босуэлл оказался непорядочным, склонным к манипуляции человеком. Побуждаемый честолюбием и желанием взять верх над давними соперниками, он предал королеву, которой клялся в любви и верности. Мария также прикидывала свои шансы. Она знала, что если Босуэлл будет свободен, то он может продолжить борьбу. Он будет жить. Босуэлл, несмотря на все свои недостатки, оставался ее защитником. Она была рождена королевой и не собиралась отдавать трон без борьбы, особенно конгломерату ссорящихся между собой дворян.
Расставаясь с Босуэллом, Мария плакала. Она была беременна от него — после пребывания в Данбаре. Возможно, об этом факте было хорошо известно. О беременности королевы сообщили Сесилу в день битвы, так что в окружении Марии разговоры, вероятно, велись уже около недели. Возможно, ее нежелание позволить Босуэллу сражаться в поединке отчасти объяснялось тем, что он был отцом ее будущего ребенка.
Теперь пришла пора волноваться Босуэллу. Он колебался и протестовал, не зная, о чем Мария договорилась с лордами. Может быть, ему позволяют бежать только для того, чтобы поймать и убить, когда Мария этого не увидит? Он молил ее открыть ему правду. Гарантирована ли ему безопасность? Она ответила: «Да», — и протянула руку.
Босуэлл сжал ее руку, потом развернул лошадь и галопом помчался в Данбар; лорды пристально наблюдали за ним, но не пытались остановить. За Босуэллом последовали около десятка сторонников. Только когда они удалились почти на две мили и скрылись из виду, Мария повернулась к ждавшему ее Киркалди.
Рассказ о расставании Марии и Босуэлла принадлежит дю Кроку. Он составил отчет на следующий день, после разговора со свидетелями, и, вероятно, так, чтобы не противоречить заявлениям лордов, которые утверждали, что Мария страстно поцеловала Босуэлла на виду у двух армий, и они поклялись друг другу в верности. Затем Мария повернулась к Киркалди и сухо сказала: «Лэрд Гранжа, я вверяю себя Вам на условиях, которые Вы изложили мне от имени лордов». Он опустился на одно колено и поцеловал ее руку. Королева вскочила в седло и медленно спустилась с холма. В нескольких шагах позади за ней следовала верная Мария Сетон на своем пони.
Приблизившись к лордам, Мария гордо подняла голову. Дрери заказал цветной рисунок, иллюстрирующий эту сцену, и отправил его Сесилу. На нем Мария изображена в чужой одежде, полная решимости сохранить свое достоинство; солдаты по обе стороны от нее застыли неподвижно и с благоговением смотрят на нее, вероятно, начиная осознавать, что об этом они будут рассказывать детям и внукам.
Сначала Марию встретили с почтением, но затем чары рассеялись, и люди графа Атолла и лэрда Туллибардина стали выкрикивать: «На костер шлюху! На костер убийцу!» Эти оскорбления потрясли Марию. Она растерянно повернулась к лордам, но они отвели взгляды.
Честь и репутация Марии были втоптаны в грязь. Она уже не могла притворяться. Она ненавидела лордов за все унижения, которые была вынуждена переносить, и решила сделать все возможное, чтобы их уничтожить. Вновь обретя уверенность, она всю дорогу до Эдинбурга «говорила только о том, что повесит и распнет их». Кипя от возмущенная, Мария приказала позвать Линдси, назначенного соперника Босуэлла. Когда он подошел, королева подала ему руку и злобно прошипела: «Та самая рука, которую вы теперь держите, отрубит вам голову, можете в этом не сомневаться».
Угрозы Марии дорого ей обошлись. Она поступила вопреки своим намерениям, когда сошлась с лордами конфедерации в смертельной схватке. До Эдинбурга Мария добралась в восемь или девять вечера. Лорды выслали вперед гонца, и улицы были заполнены зеваками. Это было совсем не похоже на ее триумфальный въезд в город шесть лет назад, когда ее радостно приветствовали чиновники и «мавры» в желтой тафте. Тогда ее окружал ореол величия. Теперь она была «обезображена пылью и слезами».