Мария всегда отказывалась признавать удовольствие, с которым она поспешила навстречу своему третьему браку. Когда их отношения испортились, а это случилось быстро, она признала, что Босуэлл грубо обращался с ней. Тем не менее она сделала свой выбор и не отступала от него. Даже перечисляя недостатки Босуэлла, она выдавала желаемое за действительное:
Теперь, когда все закончилось и прошлого не вернешь, мы извлечем из этого пользу, и будем считать — что соответствует действительности — его нашим мужем, которого мы будем любить и уважать, и поэтому все, кто объявляют себя нашими друзьями, должны проявлять такую же дружбу в отношении того, с которым мы навечно соединены. И несмотря на то что в некоторых моментах или церемониях он вел себя неподобающим образом, мы склонны приписывать это его любви к нам.
Одно предложение в инструкциях епископу отражает понимание Марии своего положения: «Мы не можем отрицать, что он обращался с нами не так, как мы того желали или как того заслуживали». Осознание этого, при более глубоких размышлениях, должно было мучить ее во время заточения в Лох-Ливене, где приблизительно через месяц у нее случился выкидыш — она потеряла близнецов, зачатых от Босуэлла.
Дипломатические усилия Марии были обречены на неудачу. Когда епископ добрался до Парижа, там его ждал холодный прием. То же самое произошло с миссией Мелвилла в Лондоне: собственно, когда посол предстал перед Елизаветой, Босуэлл уже бежал с Карберри-Хилла, что сделало визит ненужным.
Версия Марии была предана забвению, однако Елизавету глубоко возмущал тот факт, что правительницу соседнего государства мятежные лорды держат в тюрьме, в крепости на острове. Она не могла заставить себя написать Марии, однако продиктовала письмо к ней, в котором своим авторитетом поддержала монарха, кузину и близкую родственницу. В тот же день Елизавета отправила еще одно письмо, на этот раз лордам, выразив сожаление и негодование по поводу их действий.
Разница во взглядах Елизаветы и ее первого министра на отношения с Марией никогда еще не была такой разительной. Для разрешения кризиса Елизавета отправила в Шотландию сэра Николаса Трокмортона. Он, подобно своему бывшему протеже, Лестеру, и в отличие от Сесила, был одним из доброжелателей Марии. Он даже поддерживал ее право на наследование английского престола при определенных условиях и после болезни Марии в Джедборо соглашался с предложением Елизаветы добиться нового «договора о вечной дружбе», в котором не будет унизительных статей Эдинбургского договора.
Трокмортона не ждали в Шотландии. С точки зрения мятежных лордов, его следовало нейтрализовать. Для этого они обратились к Сесилу, и тот написал инструкции для Трокмортона, которые в значительной степени расширяли инструкции Елизаветы и серьезно противоречили им. Если Елизавета хотела возвращения Марии на трон, то Сесил лишь изложил условия ее освобождения. Она должна быть лишена власти, которую передадут совету, состоящему из лордов. Мария может остаться королевой, но только номинально. Во всех остальных отношениях Сесил планировал восстановить квазиреспубликанские «штаты Шотландии», которые образовались после смещения матери королевы Марии в результате первого мятежа лордов.
В конце записки Сесил написал следующее: «