После отречения Марию содержали в еще более суровых условиях. Морей вернулся в Эдинбург 11 августа, а когда через несколько дней приехал к сестре, она, горько плача, пожаловалась ему на неприемлемое обращение. Морей, как всегда холодный и расчетливый, не выказал сочувствия и симпатии, а отругал Марию и прочел лекцию о том, каким должен быть правитель. Они проговорили до часу ночи, пока у нее не закончились силы.
На следующий день они начали с того, на чем прервались. Морей вел себя мягче, но им руководила хитрость, а не доброта. Его цель была очевидна. Он хотел, чтобы сестра пообещала не предпринимать попыток побега и не искать помощи у Англии или Франции. Он использовал все известные ему методы психологического давления, чтобы вызвать у нее чувство благодарности, то угрожая ей, то успокаивая, обещал воспрепятствовать жестоким планам Линдси и его друзей, если она будет сотрудничать — хотя на самом деле они исполняли его поручения.
Морей добился того, чего хотел. Мария «обняла его и поцеловала, выказала свое удовольствие и потребовала ни в коем случае не отказываться от регентства, а принять его, поскольку таково ее желание». Так Морей окольными путями добился ее согласия на то, что раньше она приняла бы только под давлением. 22 августа его объявили регентом. Он стоял во главе лордов, которые восемь лет назад сместили мать королевы Марии, а теперь то же самое проделал и с ней самой. Но борьба была еще далека от завершения.
Когда Мария оправилась от душевной травмы, вызванной выкидышем и отречением, и начала подводить итоги, она поняла, что ее обманули. И твердо решила вернуть себе и честь, и трон. Она не торопилась — отдыхала и старалась хорошо питаться. Дни были заполнены ее любимыми занятиями, шитьем и вышиванием. Она играла в карты и даже танцевала под музыку скрипок и волынок. Марии удалось добиться разрешения держать обслуживающий персонал: пять или шесть дам, четыре или пять камеристок, врача, кухарку и двух горничных, одна из которых была француженкой. Мария Сетон, самая верная из четырех Марий, все время находилась рядом с ней.
Из-за неподвижного образа жизни Мария располнела, но ум у нее, как всегда, был остер. Она принялась обдумывать план побега. Она отослала кольцо Марии Флеминг, жене Мейтланда, который теперь сам сомневался, стоит ли поддерживать лордов. Она также связалась с Марией Ливингстон, еще одной из четырех Марий, которая вышла замуж за католика Джона Семпилла, младшего сына лорда Семпилла. Морей переманил лорда Семпилла на свою сторону с помощью подкупа, но его сын остался верен Марии и был центральной фигурой неудачного плана ее освобождения, предполагавшего ночное нападение на замок.
Затем Мария обратилась к Джорджу Дугласу по прозвищу «Красавчик Джорди», удалому и красивому младшему брату лэрда Лох-Ливена. Он был на девять лет младше Марии, но влюбился в нее и поклялся служить ей. Юноша стал свидетелем вынужденного отречения и решил помочь, передавая тайные сообщения через камеристок, за что был изгнан из замка Мореем и лэрдом с запретом возвращаться.
Но верность Джорджа, а также мужество и изобретательность Марии преодолели и эти препятствия. 25 марта 1568 г., через девять месяцев после того, как ее привезли на остров Лох-Ливен, она предприняла первую серьезную попытку побега, переодевшись в прачку, но лодочник, перевозивший ее через озеро, на полпути узнал ее. Он попытался сорвать с нее шарф, чтобы увидеть лицо, а когда Мария вскинула руки, защищаясь, он заметил, что они «очень тонкие и белые» — руки королевы, а не прачки. Лодочник развернулся и поплыл назад, к замку, но пообещал Марии, что не расскажет лэрду о ее безрассудной попытке.
Затем появился новый план, согласно которому юный Уилли Дуглас, один из пажей в замке, которого назвали «Малыш Уилли» или «сиротка Уилли» — возможно, он был незаконнорожденным сыном сэра Уильяма Дугласа, лэрда Лох-Ливена, — должен был перевезти Марию через озеро на весельной лодке. Уилли едва исполнилось шестнадцать, но он всей душой желал спасти очаровательную королеву. К нему присоединился Джордж Дуглас, который терпеливо ждал в Кинроссе на берегу озера вместе с лордом Сетоном и небольшим отрядом.
В полдень воскресенья, 2 мая, когда солнце было в зените, а семья Дуглас отдыхала, Уилли Дуглас повредил все лодки, стоявшие на якоре у пристани замка, — за исключением одной. Затем, в начале восьмого вечера, пока лэрд и его домашние ужинали, он незаметно удалился, прихватив ключ от главных ворот замка, который лэрд оставил на столе. Уилли подал условленный сигнал, и Мария спустилась из башни во двор. Она обменялась одеждой с Марией Сетон, которая оставалась в замке, чтобы играть роль своей госпожи, если поднимется тревога.