Когда они вышли из замка, Уилли закрыл за собой ворота и бросил ключ в дуло ближайшей пушки. Он помог Марии забраться в лодку и перевез с острова на берег. Там их встретил Джордж Дуглас, который увел лучших лошадей лэрда Лох-Ливена из конюшни на берегу. Мария галопом поскакала через графство Файф к Норт-Куинсферри, где переправилась через Ферт-оф-Форт. Когда она высадилась на южном берегу, ее сопроводили в Ниддри, одну из крепостей лорда Сетона, расположенную между Эдинбургом и Линлитгоу; там она провела ночь.
После без малого одиннадцати месяцев плена Мария снова была свободна. Она ликовала, наслаждалась теплым весенним вечером и каждой секундой верховой езды. В Ниддри она спешно написала несколько писем друзьям, а также послала гонца в Данбар с указанием от ее имени укрепить замок.
Рано утром следующего дня Мария направилась на запад, в Гамильтон, где собрались ее сторонники, и основала временный двор. Весть о ее побеге застала Морея в Глазго. Лорды поначалу не поверили, но затем, осознав опасность, приказали своим отрядам двигаться к Глазго.
Мария не хотела сражения. Память о Карберри-Хилле была еще свежа. Но королева не утратила своей популярности. Пропаганда лордов была эффективной, пока Мария оставалась у них в руках. Через неделю к ней присоединились шесть тысяч человек. Ее поддерживали Хантли, Сетон и Гамильтоны, родственники Шательро. Они убеждали ее дать противнику бой, и она согласилась. «Мы решим это битвой», — объявила она. Несколько лордов уже покинули Морея и перешли на ее сторону. Среди них был Аргайл; его шокировало свержение королевы, но он не решался противостоять этому в одиночку.
Мария во главе войска двинулась к Дамбартону, и ее армия была на треть больше армии противника. Когда утром в четверг, 13 мая, две армии сошлись у Лангсайда в окрестностях Глазго, казалось, исход столкновения предрешен. Но нет. Морей бросил в наступление все имевшиеся у него силы. Он понимал, что все решится в этот день. Теперь Мария ненавидела брата даже больше, чем Мортона, — за ту роль, которую он сыграл в ее падении. И была полна решимости отомстить. Она никогда не простит его за то, как он сыграл на ее чувствах в Лох-Ливене. Мария постоянно возвращалась мыслями к этому притворному отречению в плену. Она прекрасно понимала, что Морей нацелился на ее трон. Его следует судить за измену.
Битва обернулась для Марии сокрушительным поражением. Все пошло не так с самого начала. Аргайл страдал от хронического заболевания, которое называли «каменной болезнью» — в XVI в. этим общим термином обозначали разные внутренние болезни. Накануне сражения его уложил в постель внезапный приступ, что полностью расстроило управление армией. У Морея все складывалось удачно: Киркалди устроил блестящую засаду для королевского авангарда, когда тот двигался по узкой дороге. Сражение длилось всего три четверти часа. Мария, наблюдавшая за разгромом ее армии с вершины близлежащего холма, бежала в Дамфрис, проскакав без остановки 60 миль. После этого она весь день пряталась и появлялась на людях лишь ночью — настолько силен был ее страх снова попасть в руки брата.
Последние тридцать миль до Дандреннана в Галлоуэе Мария преодолела ночью. Она остановилась в аббатстве, где написала письмо Елизавете с настоятельной просьбой о помощи, приложив к посланию перстень с бриллиантом, который ее «сестра королева» прислала ей в 1563 г. как залог любви и дружбы. Однако ей не дано было знать, что в тот самый момент, когда она заканчивала письмо, Елизавета жадно разглядывала самые лучшие жемчуга Марии, конфискованные в Холируде и проданные ей Мореем.
Мария не стала ждать ответа английской королевы. Она была слишком напугана. 16 мая она села в рыбацкую лодку и пересекла Солуэй-Ферт, около семи вечера причалив к берегу в Англии, недалеко от Уоркингтона в Камберленде, в тридцати милях от Карлайла. На рассвете она написала второе письмо к Елизавете, в котором выражала желание встретиться с кузиной, а также просила помощи и поддержки в возвращении на трон и разгроме мятежников. Мария надеялась собрать новое войско и вернуться в Шотландию. Но решение пересечь границу с Англией было ошибкой, которая привела к катастрофе. Оно могло спровоцировать кризис в Англии — там боялись, что северные графства, где большинство населения составляли католики, поднимутся в ее поддержку, что приведет к гражданской войне в обеих странах.