Приписываемое халифу разрушение христианских храмов, в том числе и храма Гроба Господня в Иерусалиме, могло быть не целенаправленным действием, а следствием упадка христианства в Фатимидском халифате. К слову можно заметить, что матерью Аль-Хакима была наложница-гречанка, родные братья которой стали видными иерархами православной церкви.
Халиф Аль-Хаким Биамриллах загадочно исчез в ночь с 12 на 13 февраля 1021 года, когда ему было тридцать пять лет. Он имел привычку по ночам предаваться медитации в окрестностях столицы, в частности – на горе Муккатам, откуда хорошо было видно звездное небо, причем отправлялся в эти ночные поездки без сопровождения. В ходе поисков были найдены окровавленные одежды халифа, но тело его не нашли, что породило легенду о сокрытии Аль-Хакима и его грядущем явлении в качестве Махди.
Принято считать, что в правление Аль-Хакима обстановка в халифате была нестабильной, но его сыну и преемнику Аз-Захиру Биллаху удалось спасти государство от распада. На самом деле при Аз-Захире обстановка дестабилизировалась. Он взошел на престол в возрасте шестнадцати лет и в первые два года пребывал под опекой своей тетки Зитт аль-Мульк, старшей сестры халифа Аль-Хакима. После того как в 1023 году Зитт аль-Мульк умерла, в халифате Фатимидов начался кризис, спровоцированный неурожайными годами. Но халифат устоял и простоял еще полтора века.
Многонациональное государство предполагало наличие многонационального войска, основу которого составляли наемники. Так было и в Аббасидском, и в Фатимидском халифатах. Но правителям были нужны особые войска, отличавшиеся беззавестной преданностью престолу, войска, на которые можно было полностью положиться. В IX веке Аббасиды начали формировать воинские отряды из рабов, которые назывались «гулямами». Начинание оказалось полезным, и к концу века гулямы составляли значительную часть аббасидского войска.
Традиционно было принято считать термин «мамлюк» принятым в Египте синонимом слова «гулям». Однако некоторые ученые разделяют эти понятия на том основании, что в отрядах гулямов могли служить и свободные люди, а все мамлюки были рабами, которых с детства готовили к военной службе. Впервые мамлюки появились в Аббасидском халифате во второй половине IX века по инициативе военачальника Аль-Муваффака как дополнение к гулямам. Но так или иначе, в Фатимидском халифате рабов-воинов называли мамлюками. Набирались они из коптов, армян, тюрок, нубийцев и других неарабов, за исключением иудеев, которым халифы традиционно не склонны были доверять.
Будучи оторванными от своих семей, мамлюки могли надеяться только на милость халифа, что делало их преданными слугами престола. Одаренные мамлюки могли сделать хорошую карьеру и достичь высоких должностей. Некоторые родители из числа бедняков отдавали своих сыновей на службу халифу добровольно, в надежде на то, что там они смогут возвыситься. В конечном итоге мамлюки возвысились настолько, что в середине XIII века основали свой султанат.
Итогом Первого крестового похода, предпринятого в 1096 году по просьбе византийского императора Алексея I и с благословения римского папы Урбана II, стало основание Иерусалимского королевства и еще трех ближневосточных христианских государств – Эдесского графства, графства Триполи и Антиохийского княжества. На захваченных территориях крестоносцы предавали мечу всех мусульман, а также помогавших мусульманам иудеев, о чем современные западные историки предпочитают не вспоминать.