15 августа 1938 г. пять пароходов Колымо-Индигирской экспедиции двинулись вверх по Индигирке. 25 августа пароход «Якут» вышел из Крест-Майора. Остался самый трудный участок перехода до Момы, протяженностью 284 км. Остальные четыре парохода подходили к Крест-Майору. 30 августа один из пароходов находился уже в 65 км от устья Момы. Два других парохода следовали на расстоянии 35 км. Большие затруднения испытывала экспедиция при добыче топлива для пароходов, поскольку на берегах Индигирки растет в основном лишь мелкий кустарник.
В навигацию 1938 г. в устье Индигирки завезено судами ГУ СМП, а также Лено-Индигирской и Колымо-Индигирской экспедициями 6328 тонн грузов. Этот груз был доставлен речными судами в Крест-Майор (затон Бурулях). Из Крест-Майора вверх по реке до слияния с Момой перевезено 418 тонн грузов.
Состав Колымского флота в 1938 г.
Суда Яно-Индигирской экспедиции вышли из Тикси 11 августа 1936 г. Головным шел теплоход «Первая пятилетка» и вел на буксире баржу № 31 «Олекса» с грузом Янской комплексной экспедиции. За баржой был зачален караван парохода «Отто Шмидт», а за ним караван парохода «Сасыл-Сысы». Такой порядок следования сохранялся и при последующих речных перевозках на Яну и Индигирку.
Суда Яно-Индигирской экспедиции в 1936 г. доставили на Индигирку 220 тонн груза. В 1937 г. пароходы «Отто Шмидт» и «Смидович» завезли 1800 тонн грузов. В 1938 г. на Индигирке продолжали работать два парохода и девять барж.
С 1 мая 1939 г. флот Индигирки вошел в состав Колымо-Индигирского речного пароходства ГУ СМП, а на Индигирку в этот год завезли 1318 тонн грузов.
Динамика развития флота ГУ СМП в Якутии
В годы Великой Отечественной войны речные суда с Лены и Колымы продолжали ходить в море Лаптевых и в Восточно-Сибирское море. Так, 8—15 августа 1941 г. колымский колесный пароход «Якут» пр. СБ-9 привел на Яну баржу и встал на зимовку в затоне Тугуттах.
В 1944 г. речники Дальстроя перевезли по Колыме и Индигирке 119 174 тонны грузов и между портами Амбарчик и Певек — 15 815 тонн, сделав 102,9 млн тонно-километров, что составляло 128,2 % плана.
В 1945 г. на Колыму прибыл американский мощный буксир ледокольного типа «А. Невский». В 1960 г. он был взорван и затоплен в районе села Зырянка на Колыме.
Самоходный флот Колымско-Индигирского речного пароходства Дальстроя в 1950 г.
Как видим, 84 % пароходов Колымо-Индигирского речного пароходства (КИРП) работали на Колыме, 13 % — на Индигирке и одну судно («Калинин») зимовало на Лене. Только 22 % пароходов КИРП были постройки второй половины 1940-х гг., а 72 % были построены в 1930-е гг., был и пароход, построенный в 1912 г. То есть три четверти пароходов КИРП были колесными и с большим сроком амортизации. Также КИРП имело 35 железных и 58 деревянных барж общей грузоподъемностью 40,7 тысячи тонн. Также в составе пароходства было 42 катера мощностью 30—150 л.с., предназначенные для служебно-вспомогательных функций.
В 1950 г. КИРП перевезло 145,2 тысячи тонн грузов, в том числе 32,6 тысячи тонн угля, 27 тысяч тонн леса (в плотах), 15,5 тысячи тонн морского завоза, 2 тысячи тонн техники и т. д. При этом для перевалки транзитных колымских и Индигирских грузов пароходство не имело хорошо оборудованного морского порта. В устье Колымы был только порт Амбарчик. Обработка морских судов там происходила на рейде в 15–18 км от берега. Из-за малых глубин на баре Колымы морские пароходы не могли зайти в бухту, а к имевшимся в порту трем пирсам не всегда могли подойти даже рейдовые буксиры. Имевшаяся небольшая электростанция мощностью 45 кВт не могла обеспечить потребностей порта, поэтому механизация там отсутствовала.
Помимо Амбарчика уголь грузили и в Михайловской протоке — в одном из рукавов Колымы, в 50 км выше устья.
В устье Индигирки имелось еще одно место для разгрузки судов, так называемый Табор — участок первобытной тундры. Там имелось несколько юрт, склады и помещения для размещения заключенных и охраны. Электричества не было. Разгрузка судов производилась там в 60–70 км от берега, поскольку из-за мелководья они не могли подойти ближе.
Весной 1953 г. после упразднения самостоятельного треста ГУ СМП и объединения ведомств река Хатанга была передана для обслуживания Ленскому бассейну. Хатангская дистанция пути обслуживала реку от фактории Кресты до мыса Большая Корга (228 км), реку Котуй — от рудника Каяк до фактории Кресты-1 (72 км), реку Хета — от поселка Волочанка до фактории Кресты (428 км), реку Попигай (157 км), реку Анабар — от Саскылаха до мыса Хорго (242 км).
В 1956 г. в бассейне Колымы работало 13 буксирных судов мощностью 4035 л.с. и 57 барж общим тоннажем 29 612 тонн.