Траур по Марфе Собакиной царь блюл два месяца. Возвратясь из Новгорода, он прежде святительского благословения женился на Анне Алексеевне Колтовской. Быстро усовестившись, Иоанн созвал епископов утвердить брак. Митрополит Кирилл преставился, на Соборе первенствовал архимандрит Леонид. Синод собрался в храме Успения, качал бархатными митрами, расправлял поверх драповых риз кресты серебряные увесистые. Царь явился в иноческом обличии. Преклонял колена, целовал руку Леониду, смиренно просил духовенство дозволить свершенный брак. Согласиться с правом Колтовской на царицино место. Убеждал: «Злые люди чародейством извели первую супругу мою Анастасию. Вторая, княжна черкасская, тоже была отравлена, и в муках, терзаниях отошла к Господу. Я ждал немало времени и решился на третий брак, отчасти для нужды телесной, отчасти для детей моих, еще не достигших совершенного возраста. Юность их претила мне оставить мир, жить же без жены соблазнительно. Благословенный митрополитом Кириллом я долго искал невесты, испытывал, избрал. Зависть и вражда погубили Марфу, только именем царицу. Еще в невестах она лишилась здравия и через две недели супружества преставилась девою. В отчаянии, в горести я хотел посвятить себя житию иноческому, но видя жалкую младость сыновей и государство в бедствиях, дерзнул на четвертый брак. Ныне, припадая с умилением, молю святителей о разрешении и благословении свершенного».
Кротость государя, худое облачение, босые ноги на студеном каменном полу тронуло иереев. Духовенство излило слезы, болезнуя о вине и виновном. Святители перерыли уставы Вселенских Соборов, искали оправдания царю. После раздумья единогласно положили утвердить брак по умильному покаянию царя, заповедовав ему не входить в храм до Пасхи. В сей день причаститься Святых Тайн. Год стоять в церкви с припадающими, год – с верными, вкушать просфоры лишь в праздники. В случае воинского похода царь избавлялся от епитимьи. Сами святители обязывались молиться за царицу Анну, дабы беззаконие царя не стало соблазном народу. Особое постановление грозило церковною карою всякому, кто, подобно Иоанну, дерзнет взять четвертую жену. Кроме Леонида, разрешительную грамоту рукоположили архиепископы Корнилий Ростовский и Антоний Полоцкий, семь епископов, несколько архимандритов и знатнейшие игумены. Леонид ждал отплаты посохом. Но, как положено, царь дал свободу собору. Митрополитом избрали Полоцкого архиепископа Антония.
Иоанн вчитывался в ответ королевы Елизаветы. Строки заливали холодностью его желание переселения в Англию. Он отомстил комиссией по проверке торговли британских купцов. Уличили многих налогов неплательщиков. Вступаясь за купцов, Елизавета опять прислала Дженкинсона. Поверенный уверял, что дипломатическим давлением на Швецию Англия не дала той заградить судами морской путь в Нарву и лишить Московию выгод балтийской торговли, и что успехам в Ливонии царь обязан поставкам превосходного английского оружия. Иоанн смягчился, передавал королеве: «Кого прощаю, того уже не виню. Будем друзьями, как были. Прежняя тайна (о бегстве в Англию) останется тайною. Теперь иные обстоятельства. В случае нужды откроюсь возлюбленной сестре моей Елизавете с полной доверенностью». Отпустив рассаженных по темницам купцов, Иоанн присовокупил шуткою: ежели англичане сподобятся подарить ему обещанный глобус, который по величине нести будут двенадцать человек, так и тогда не получат права беспошлинной торговли.
Все же Англия продолжала оставаться для Иоанна землей обетованной. Количеством женитьб он уже приближался к образчику отца Елизаветы Генриху VIII. Приберегал ли Иоанн, подобно Генриху, конечный аргумент – объявить себя главой церкви, если в очередной женитьбе попы ему откажут? Иоанн не заразил своих жен и их потомство сифилисом. Бог миловал одну Генрихову дочь – ныне царствующую девственницу Елизавету. Не заразе ли отца она обязана уродством, пресекшей ей отрады пола и деторождения?