В поисках рационализации управления она поручила представителю высшей бюрократии графу Н. И. Панину разработать проект политической реформы. Он представил проект, по которому Сенат предлагалось разделить на 6 департаментов. Панин полагал также необходимым создать Совет из 6 или 8 императорских советников, через которых должны были проходить все дела, касавшиеся компетенции верховной власти. Императрица отвергла идею создания Совета, увидев в ней попытку ограничить самодержавную власть. А вот идею разделения Сената на 6 департаментов для упорядочения его работы Екатерина использовала в 1763 г. Тем самым она ослабила Сенат как законодательное учреждение, сделав его просто «хранилищем законов». Сенат стал просто административным органом. Так уже в начале царствования императрица сосредоточила в своих руках всю законодательную и большую часть распорядительной власти. Ее она осуществляла через генерал-прокурора и собственную канцелярию со статс-секретарями. Правда, в 1768 г. императрица создала Совет при высочайшем дворе, ставший высшим консультативным и распорядительным органом при ней. Но своими решениями он не подменял монаршую волю и был чисто совещательным органом.
В первые годы своего царствования Екатерина II провела ряд мер для усиления своей власти. В 1764 г. была осуществлена секуляризация церковных земель. Церковь лишилась экономического могущества, а миллион монастырских крестьян был передан в ведение коллегии экономии, что прекратило их волнения. Доходы от них наполнили пустую государственную казну. В 1764 г. было ликвидировано гетманство на Украине, ограничены привилегии казачества.
Императрица расширила права и привилегии дворянства. Слабое развитие буржуазных отношений в стране, отсутствие социальных сил – носителей этих отношений – обусловило в период формирования и развития абсолютизма в России значительную зависимость монарха от интересов и устремлений дворянства. А потому во внутренней политике Екатерины II вопросы дворянства, его прав и привилегий занимали первое место. Главными вопросами были дворянская служба, воспитание дворянских детей, право выезда дворян за границу, свобода в наследовании имений. Они волновали императрицу в связи с двумя противоречивыми обстоятельствами: с одной стороны, именно дворянство являлось главной опорой самодержавной власти, с другой – от дворянства исходила основная угроза для представителя этой самой власти. Екатерина всегда хорошо помнила, каким образом она взошла на трон и кто помог ей избавиться от мужа, который был законным самодержавным монархом.
На протяжении всего XVIII в. усиливалось влияние дворян на государственную политику и лично на монарха. Екатерина была очередным властителем, возведенным на престол усилиями дворян, и сами дворяне тоже не забывали об этом факте. Дворянство требовало особых привилегий за свою службу, а то и просто за принадлежность к родовитой знати. Императрица вынуждена была постоянно помнить о возможности очередного государственного переворота, постоянно следить за настроениями дворян, в среде которых рождались как верноподданнические идеи, так и самые крамольные мысли. В результате Екатерина должна была постоянно лавировать между опасностью потерять власть окончательно и опасностью ослабить ее за счет претензий дворянства.
В 1765 г. был издан устав о винокурении, предоставивший дворянам монопольное право на винокурение, что повышало их доходы и укрепляло экономическое положение.
Генеральное межевание земель, начавшееся в том же году, позволило решить наконец вековые проблемы с границами имений, из-за которых порой шли маленькие войны между дворянскими семьями. Кроме того, это позволило отдельным представителям дворянства легализовать свои не вполне законные земельные приобретения. Манифест о генеральном межевании объявлял помещикам, что им жалуются и утверждаются самовольно захваченные земли в том случае, если они «полюбовно только между соседями своими разведутся». В одной из инструкций по межеванию Екатерина назвала помещиков «истинными ревнителями и споспешниками государственной пользы и усердными исполнителями Наших повелений». Генеральное межевание закрепило монопольное право дворян на владение землей. Указ 1783 г. предоставил дворянам монополию на недра земли.