Самостоятельную отрасль изученія русской Церкви составляетъ исторія раскола.
Вопросъ о научной спеціализаціи этого вопроса выдвинутъ былъ въ началѣ 50-хъ годовъ XIX в., къ которому относится и открытіе соотвѣтствующихъ каѳедръ при Духовныхъ Академіяхъ. Задачи были полемическія, судя и по названію этой науки “исторія и обличеніе русскаго раскола”. По словамъ Глубоковскаго, “наиболѣе убѣдительно выразили этотъ принципіальный взглядъ митрополиты — Московскій Филаретъ (Дроздовъ) и С-Петербургскій Григорій (Постниковъ), а Макарій (Булгаковъ) научно развилъ и обосновалъ его въ отдѣльномъ историческомъ трудѣ”... Исходя изъ того положенія, что расколъ является уклоненіемъ отъ каѳолической истины, заслуживающимъ разоблаченія и исправленія, писалъ свои ученые труды московскій проф. Н. И. Субботинъ. Онъ издавалъ журналъ “Братское Слово”, гдѣ (1875-76, 1883-99 годы) было помѣщено также много важныхъ для исторіи раскола памятниковъ и всякихъ сообщеній. Ближайшимъ сотрудникомъ Субботина былъ умный, настойчивый и хорошо освѣдомленный по своему прежнему нахожденію въ расколѣ единовѣрческій архимандритъ Павелъ, по прозванію Прусскій. Къ теченію Субботина примыкалъ, вдохновляясь его принципами, казанскій профессоръ Н. И. Ивановскій. Въ другомъ видѣ изображался расколъ тѣми, которые видѣли въ немъ особую “народную вѣру” и усматривали въ немъ протестъ противъ современныхъ ему Церкви, государства и общества. Представителями такого теченія были казанскій проф. А. П. Щаповъ (начиная съ магистерской диссертаціи въ 1857 г.) и ученый историкъ проф. Н. И. Костомаровъ. Писали о расколѣ проф. московскаго университета Н. Ѳ. Каптеревъ въ историческомъ освѣщеніи, а такъ же напечатана была въ 1905 г. книга проф. E. Е. Голубинскаго “Къ нашей полемикѣ со старообрядцами”. Объ единовѣріи писали проф. Н. И. Петровъ, о. В. И. Жмакинъ, М. В. Семеновскій, проф. II. С. Смирновъ, о. М. П. Чельцовъ, о. С. И. Шлеевъ, потомъ единовѣрческій епископъ Охтенскій Симонъ и др. Труды послѣдняго Глубоковскій считаетъ написанными въ узкотенденціозномъ духѣ.
Печатались труды о православномъ востокѣ.
Главнымъ трудомъ въ этой области является работа академика проф. E. Е. Голубинскаго о церквахъ Болгарской, Сербской и Румынской. Другіе труды: Проф. А. И. Александрова (еп. Анастасія) “Политическая и церковная жизнь славянства въ XIX в.” (Казань 1911); Архіеп. Филарета (Гумилевскаго) о “святыхъ южныхъ славянъ”; Проф. о. Т. И. Буткевича “Высшее управленіе въ православныхъ автокефальныхъ Церквахъ”. Отдѣльныя работы: о Болгаріи — проф. академика И. С. Пальмова, проф. Н. Л. Туницкаго и др., о Сербіи — прот. М. II. Чельцова и проф. И. С. Пальмова (его же о Черногоріи), о православныхъ въ Австро-Венгріи — В. П. Мордвинова, проф. Г. А. Воскресенскаго, о. Д. Н. Якшича, о Чехіи — обширныя сочиненія проф. Пальмова, о Румыніи — митр. новгородскаго Арсенія (Стадницкаго), проф. Ѳ. А. Курганова, В. В. Колокольцева, Н. В. Лашкова, о Молдавіи — митр. Арсенія.
По всеобщей церковной исторіи
въ нач. XIX вѣка извѣстны труды архимандрита Меѳодія (Смирнова), возглавлявшаго потомъ рядъ каѳедръ (ум. 1815). Имъ написана была “Исторія первыхъ вѣковъ христіанства” и “О Флорентійскомъ соборѣ”. Ректоромъ петербургской семинаріи, архимандритомъ Иннокентіемъ (Смирновымъ), скончавшимся въ 1819 г. еп. пензенскимъ, выпущено было въ 1817 г. двухтомное “Начертаніе церковной исторіи съ библейскихъ временъ до XVIII столѣтія”, сдѣлавшееся на долгое время классической книгой для духовныхъ школъ. Прот. Іоаннъ Григоровичъ (ум. 1853), воспитывавшійся на счетъ гр. Румянцева въ петербургской академіи, авторъ трудовъ по русской исторіи, издалъ переписку папъ съ россійскими государями и др.