В июле 1856 года Земмельвейса назначили профессором акушерства в Пештском университете. И снова, внедряя свою методику, ему пришлось преодолевать сопротивление. Земмельвейс сталкивался с отказами, а иногда и враждебностью: несмотря на известность, лидирующую позицию на факультете он не занимал. Однако местные завистники едва ли могли помешать назначению после того, как за него вступился влиятельный еженедельный журнал
И в личной жизни произошли положительные сдвиги, которые должны были пойти ему на пользу. Он женился на двадцатилетней Марии Вайденхубер в июне 1857 года; Земмельвейсу в то время было почти 39 лет. Мария действовала успокаивающе в тех ситуациях, когда нападки и разногласия на работе заставляли его проявлять вспыльчивость. Однако трагедия многих родителей той эпохи не обошла стороной и чету Земмельвейсов. Первый ребенок, мальчик, умер всего через два дня после рождения от гидроцефалии, скопления жидкости в голове: нейрохирургии и операций, проводимых на головном мозге или черепе, в то время не существовало. Дочь, родившаяся в 1860 году, скончалась в возрасте всего четырех месяцев. Затем у пары родилось еще трое детей, последняя из которых, Антония, – в 1864 году. Все они достигнут совершеннолетия.
Помимо отнимающей много сил работы в клинике и преподавания, Земмельвейс всегда старался найти окошко для написания научных трудов, чему он придавал наибольшее значение. Для книги он выбрал название «Этиология, сущность и профилактика родильной горячки». Труд объемом около 500 страниц, наконец увидевший свет в 1861 году
, был перегруженным, и его нелегко было читать даже специалистам. Особенно не понравился врачам агрессивный тон автора, с годами становящегося все более раздражительным, легковозбудимым, а иногда и откровенно фанатичным. Большая часть книги – это расплата с его неприятелями, особенно венскими: «Во мне еще жива память об обучении, начатом еще в школе, и настоящее сочинение служит тому, чтобы и в будущем оно не было забыто. Мое обучение, начатое еще в школе, было омрачено, но мое учение, как и все благородное, мстит своим обидчикам, сокращая уровень смертности в этой школе: раньше он составлял 9,92 процента, несмотря на массовые переводы, но за двенадцать лет без массовых переводов он снизился на 3,71 процента, следовательно, до 6,21 процента. И за то, что мое учение не достигло еще большего, ответственность несут мои обидчики. Эта месть дает мне оружие, с помощью которого я могу призвать к ответу своих противников из школы, где все началось: ваше собственное снижение смертности – самое хлесткое опровержение ваших слов» [12].