18 ноября 1960 года, через 10 дней после выборов, директор ЦРУ Аллен Даллес и его заместитель Ричард Биссел, непосредственно отвечавший за разработку операции «Плутон» (плана вторжения на Кубу), встретились в Палм-Бич (Флорида) с избранным президентом Кеннеди и ознакомили его в общих чертах с планом высадки в заливе Свиней (заливе Кочинос). Перед самой передачей власти Эйзенхауэр имел беседу с Кеннеди в Белом доме. Он сообщил ему об основах своей политики по отношению к кастровской Кубе: «Политика правительства состоит в том, чтобы сделать все возможное для поддержки партизанских сил, борющихся против Кастро. Ныне мы помогаем готовить отряды антикастровской оппозиции в Гватемале. Я рекомендую вам продолжить и ускорить это». Эйзенхауэр особо подчеркнул: «Ответственность за успех лежит на новой администрации». Похоже, старина Айк в тот момент уже сильно сомневался в успехе вторжения на Кубу больших отрядов антикастровской оппозиции, которые бы попытались немедленно свергнуть существующее правительство. Больше надежд он возлагал на длительную партизанскую борьбу, поддержанную Соединенными Штатами. Вероятно, и отряды, готовившиеся в Гватемале, Эйзенхауэр считал наиболее целесообразным высаживать на Кубе мелкими группами, чтобы они усиливали местных антикастровских партизан и были бы трудноуловимы средствами береговой обороны.
После вступления на пост президента, 28 января 1961 года, Кеннеди более подробно доложили план «Плутон». Предполагалось высадить 1000 человек на судах в порту Тринидад, в 270 км к юго-востоку от Гаваны, у подножия гор Эскамбрай, в провинции Санкти Спиритус. Кеннеди приказал продолжать разработку плана. Порт Тринидад легко мог принять флотилию судов, а в случае неудачи повстанцы всегда могли отступить в горы Эскамбрай, где действовали бывшие бойцы партизанской армии Кастро, выступившие против него, когда стало ясно, что он устанавливает на Кубе тоталитарный коммунистический режим. Повстанцев в горах Эскамбрай было около 3,5 тысячи, но к моменту высадки поддерживаемых американцами сил в апреле 1961 года основная часть диссидентов была уже разбита 70-тысячной группировкой войск и народной милиции Кастро, а большинство руководителей убито или взято в плен. Кстати сказать, одним из лидеров повстанцев Эскамбрай, боровшихся против режима Батисты, был американец Уильям Александер Морган. Он выдавал себя за ветерана Второй мировой войны на Азиатско-Тихоокеанском театре военных действий и эксперта по партизанской войне, но в действительности, родившись в 1928 году, во Второй мировой войне не участвовал, а лишь служил в американских оккупационных войсках в Японии. С начала 1958 года он боролся за свободу кубинского народа, надеясь, что Куба станет демократической парламентской республикой. В одном из интервью он говорил: «За последние годы, мы, американцы, поняли, что диктаторы и коммунисты – это не те люди, с которыми можно вести дела. А здесь мы столкнулись с диктатором, опирающимся на поддержку коммунистов. Но завтра он оставит свой пост, если нам поможет Америка». Вскоре после этого заявления, в октябре 1960 года, он был арестован, а 11 марта 1961 года расстрелян. Никаких связей с ЦРУ Морган не имел, и 1959 году его даже лишили американского гражданства за участие в иностранном военном формировании. По просьбе вдовы Моргана, кубинской революционерки, его американское гражданство было восстановлено только в 2009 году. ЦРУ оказывала повстанцам Эскамбрай некоторую помощь, но им катастрофически не хватало боеприпасов, что и предопределило их поражение.
Из-за возражений Госдепартамента порт Тринидад как место высадки был отвергнут. В этом крупном городе сразу бы нашлось множество свидетелей прямого участия кораблей и самолетов США в высадке десанта. Поэтому решено было высаживаться на необорудованное побережье в сравнительно безлюдной местности. Хотя непонятно, каким образом Госдепартамент надеялся скрыть американское участие в высадке. Ведь перед ней американские самолеты, пусть и без опознавательных знаков, должны были бомбить основные стратегические пункты Кубы.
Даллес настаивал, что операция против Кубы должна быть проведена как можно скорее, пока правительство Кастро не укрепило свои позиции и не получило массированную советскую помощь. План вторжения был направлен в Пентагон, а также председателю объединенного комитета начальников штабов генералу Лемнитцеру. 3 февраля военные сообщили, что у них нет принципиальных возражений против плана. Первоначальная дата вторжения была назначена на 1 марта, но в столь сжатые сроки подготовиться не успели, и высадку перенесли на апрель, а численность отряда вторжения увеличили с 1 тыс. до 1,4 тыс. человек. Тем временем 18 марта органам госбезопасности Кубы с помощью агентов-провокаторов и при содействии советских советников удалось арестовать 20 лидеров антикастровского подполья, собравшихся на совещание в пригороде Гаваны. Теперь о каких-либо масштабных выступлениях в поддержку высадившихся эмигрантов следовало забыть.