По такой схеме проходило утверждение всех экипажей подводных лодок 54-й обпл, а также штаба бригады и личного состава плавбазы «Аяхта». Окончательно штатный состав бригады был сформирован в первых числах июня 1962 г., за неделю до выхода в поход второй, основной группы кораблей. Первая группа подводных лодок (С-236, С-292) к этому времени уже прошла половину своего пути в Индонезию.
Нельзя сказать, что комплектование штаба и кораблей бригады шло везде гладко, без сучка и задоринки. Были отдельные досадные эпизоды по замене штатных единиц, как это отмечалось выше в случае чехарды с заменой командира БЧ-3 на пл С-235. Несмотря на то, что на всех уровнях от командира эскадры до командиров кораблей командование предупреждало офицерский состав о неразглашении сведений, связанных с формированием и комплектованием бригады, за три недели до выхода в поход об этом знал уже старшинский и рядовой состав подводных лодок, знали об этом и семьи тех военнослужащих, которые были утверждены в штатных должностях новой бригады. Не знали лишь день «икс» выхода в поход.
Несколько сложнее решался вопрос о формировании штатных единиц штаба бригады. К примеру, после ряда согласований и уточнений флагманским минёром 54-й обпл за 10 дней до назначенного срока «Икс» был утверждён капитанлейтенант Анатолий Батаршев, флагманский минёр 19-й бпл (б. Улисс). Ранее (1955−1959 гг.) он служил командиром БЧ-3 на пл С-237. Командиром лодки был капитан 3 ранга Леонид Александрович Плесун (впоследствии старший преподаватель БИТО в «Ленкоме», капитан 1 ранга). В 1960 г. Анатолий Батаршев заканчивает отделение флагманских минёров подводных лодок (ВСООЛК, г. Ленинград), после классов назначается флагмином 19-й бпл. Семилетний опыт эксплуатации торпедного оружия и вооружения на подводных лодках 613 проекта позволили ему быстро войти в ритм срочных дел по торпедной подготовке и комплектованию минно-торпедных боевых частей кораблей новой бригады. А. Батаршев вспоминает:
«Ко времени моего назначения на должность флагмина 54-й обпл личный состав минно-торпедных боевых частей в основном уже был определен, и в его комплектовании я участвовал лишь номинально, как флагманский минёр 19-й бпл, располагающейся в б. Улисс. Здесь сосредоточивались все лодки новой бригады, готовящиеся к переходу в Индонезию.
А вот в назначении своих помощников – старших инструкторов по торпедному оружию и приборам торпедной стрельбы я принимал непосредственное участие. Начальник Минно-торпедного управления ТОФ капитан 1 ранга Михаил Ушерович Бродский мне сообщил, что в Сурабае (главной базе ВМС Индонезии) находится группа квалифицированных специалистов, работников нашего торпедного арсенала. Они хорошо подготовлены, являются классными специалистами, отлично знают торпедные аппараты и парогазовые торпеды, которыми вооружены наши лодки 613 проекта, ещё ранее прибывшие в Индонезию в 1959 и в 1961 годах. Если что случится, эти специалисты могут оказать помощь личному составу минно-торпедных боевых частей в ремонте торпедных аппаратов и торпедного оружия.
Старшим инструктором штаба бригады по парогазовым торпедам был назначен мичман Яков Николаевич Марченко, хорошо знающий своё дело специалист 1 класса по торпедному оружию. Ранее он служил в торпедном арсенале Минноторпедного управления (МТУ) ТОФ, отлично знал парогазовые торпеды, неплохо разбирался и в торпедах САЭТ-50. После короткого знакомства с ним я вполне был удовлетворён его назначением. Исполнительный, корректный в отношениях со старшими, открытый и доброжелательный, готовый всегда оказать действенную помощь в затруднительных ситуациях как торпедистам наших экипажей, так и торпедистам-индонезийцам.