Весьма ответственно решался вопрос о комплектовании штатов подводных лодок, плавбазы и штаба 54-й обпл. Экипажи пл переводились на штаты военного времени. С пл списывались помощники командиров, командиры рулевых и торпедных групп, сверхштатники и прикомандированные. Приведем отдельные эпизоды по комплектованию штатов экипажей подводных лодок. Ещё зимой 1961 года Иридий Морозов перевёлся на службу в Управление БП штаба Тихоокеанского флота. Убыли к новому месту службы замполит капитан 3 ранга Гуртовенко, а также сверхштатники: старший лейтенант Симонов (помошник командира), старший лейтенант Балтушка, лейтенант Степанченко. Новым командиром пл был назначен капитан 2 ранга Швандеров Юрий Григорьевич. Кроме него на переход в дальнее зарубежье были утверждены старший помощник командира капитан 3 ранга Владимир Любимов, штурман капитан-лейтенант Станислав Ковшов, командир БЧ-5 капитан-лейтенант Юрий Жуков, заместитель командира по политической части капитан-лейтенант Анатолий Борисович Ковалев и др. При формировании штатных единиц плавбазы «Аяхта» потребовался грамотный, ответственный минёр на должность командира минно-торпедной боевой части плавбазы, имеющий опыт практической подготовки индонезийских торпедистов. Таким минёром подходил лейтенант Иван Степанченко. Его кандидатура на должность командира БЧ-3 плавбазы «Аяхта» утверждается.
Во время чехарды со штатами на пл С-235 произошел досадный случай. За несколько дней до выхода в поход во время дежурства по пл командира БЧ-3 старшего лейтенанта В. Пилипенко была обнаружена пропажа одного пистолета ПМ (пистолета Макарова). К расследованию происшествия были подключены сотрудники особого отдела бригады и эскадры. Были обследованы все укромные места внутри лодки, водолазами тщательно осмотрено дно водной акватории вокруг подводной лодки и вокруг пирса. Результатов пока никаких. А время выхода пл в поход приближалось. Для дальнейшего расследования пропажи пистолета В. Пилипенко снимают с дежурства, а заодно и с занимаемой должности. Вместе с ним с лодки снимают двух подозреваемых матросов из состава вахты. В срочном порядке командиром БЧ-3 на пл С-235 становится лейтенант Юрий Яковлев, энергичный, неплохо знающий свою специальность минёр, но острый на язык – радетель чистоты русского языка на подводном флоте, до этого случая служивший командиром БЧ-3 на пл С-290. Конечно, чехарда с заменой должности командира минно-торпедной боевой части и довольно пристрастный опрос сотрудниками особого отдела вахты, а заодно и личного состава БЧ-3, по поводу злополучного исчезновения пистолета Макарова не могли не сказаться на микроклимате и моральном состоянии торпедистов. Но к чести командования пл, и в первую очередь старшего помощника командира Владимира Любимова и замполита Анатолия Ковалева, проводивших разъяснительно-воспитательную работу, взаимоотношения в воинском коллективе оставались на должном уровне, поддерживался необходимый порядок и организованность. Командиром лодки капитаном 2 ранга Юрием Швандеровым перед всем личным составом было объявлено, что тайну пропажи на пл пистолета рано или поздно всё равно раскроют, а пока всему экипажу следует со знанием дела спокойно готовиться в дальний поход. Так оно и случилось, тайна пропажи пистолета Макарова впоследствии была раскрыта. Но стало известно об этом спустя три года. Пропавший пистолет был обнаружен в городе … Ташкенте у бывшего командира отделения гидроакустиков пл С-235 старшего матроса запаса Бориса Холина, в достопамятную ночь пропажи пистолета стоящего на вахте у трапа пл. Тогда ещё соответствующие органы заподозрили Холина, и он своевременно был заменён на лодке другим гидроакутиком. Отсранённый же от должности командир минно-торпедной боевой части пл С-235 старший лейтенант Вилен Пилипенко в дальнейшем не изменил своей специальности. Известно, например, что одно время он был командиром БЧ-3 на пл К-99 (629 пр.), аналогичной пл К-129, ушедшей в Вечность со своим экипажем в июле 1968 года с прославленным командиром капитаном 2 ранга Владимиром Кобзарем. В дальнейшем Вилен занимал должность флагманского минёра соединения атомных подводных лодок.
К комплектованию личного состава бригады командование эскадры подходило весьма ответственно и тщательно. Приведем на этот счет фрагмент воспоминаний командира пл С-292 капитана 2 ранга Григория Валентиновича Таргонина: