По словам Гревса, в членах кружка его очаровала «струя почитания культурных благ». В душе разгоралась «сдерживавшаяся революционною ортодоксиею жажда свободной умственной влаги. Ольденбурги отдавались духовным интересам с открытым увлечением и сознанием таящейся в том правды. Они проникнуты были принципиальностью совсем иною, чем привычное мне политическое доктринерство. Их задушевные девизы вновь будили потребности и искания, и мною реально ощущавшиеся, но осуждаемые революционною моралью как запретные (теперь бы сказали — «буржуазные») привилегии. А здесь мир науки, философии, поэзии, искусства становился родною и желанною стихиею. Здесь дружелюбно предлагалось и другим идти общею дорогою, свободно, идейно, вместе нести труд, сообща получать наслаждение, доставляемое трудом». Всемерное поощрение свободомыслия членов кружка между тем обернулось роковым для общества обстоятельством.
На 1 марта 1887 года в Петербурге готовилось покушение на императора Александра III. Заговор был раскрыт, оказалось, что большая часть заговорщиков — студенты Петербургского университета и притом члены научно-литературного общества. Все четверо казненных 8 мая 1887 года — Ульянов, Генералов, Андреюшкин, Шевырев, оказались членами общества, а Александр Ульянов исполнял обязанности секретаря общества. Вообще, Александр Ульянов был известен успешными занятиями как студент-естественник, особенно сосредоточившийся на зоологии, и был даже намечен к оставлению при университете. Потому-то он и был избран членом научного отдела осенью 1886 года и стал его секретарем. «Он возбуждал во всех симпатию и уважение серьезностью и искренностью. Он был молчалив и сдержан, что-то было в нем будто суровое или меланхоличное. Но нечто твердое, сильное, умное, закаленно преданное всегда чувствовалось, виделся крупный человек. Мы испытывали к нему определенное уважение», — вспоминал впоследствии И. М. Гревс{138}.
Современники отмечали: «Гнусное дело 1-го марта 1887 года послужило к обнаружению, между прочим, что в С.-Петербургском университете продолжали существование не только разные тайные землячества, но и явные quasi-литературные общества, и студенческая читальня, и университетский буфет — учреждения, служившие, между прочим, для уловления в сети крамолы бесхитростных провинциалов, наехавших в Петербург из захолустьев; но зато отсутствовал вовсе карцер».
Дело это побудило профессора философии Петербургского университета и декана историко-филологического факультета М. И. Владиславлева представить министру народного просвещения записку, в которой предлагались меры к очищению университета от вредных элементов. «Зло, — по мнению Владиславлева, — в университете есть; но относительно массы студентов революционная партия в нем не велика и даже менее, чем была до введения устава 1884 года»{139}.
Тем не менее судьба общества была предрешена. Правительство решило немедленно его закрыть. Злая ирония происшедшего заключалась в том, что общество пострадало именно за то, против чего честно, открыто, идейными средствами боролись его вдохновители и деятельные радетели. Хорошо сработавшаяся большая группа оказалась разбитой, ценная духовная традиция — порванной. Но долгое время члены общества чувствовали себя и дальше частью целого. Они сходились, хотя бы изредка; несколько раз пытались в частных кружках возрождать нечто вроде суррогатов погубленного союза. Но то была безнадежная мечта, без открытой университетской базы она была неосуществима. Для многих членов общества стало необходимостью найти новые формы и способы объединения и товарищеского общения.
Середина 1880-х годов ознаменовалась особым вниманием части интеллигенции к глубоким религиозно-нравственным, этическим вопросам бытия, что в первую очередь было связано с распространением идей Л. Н. Толстого, а также народнического движения. Случилось так, что широкие слои российского общества познакомились со знаменитой «Исповедью» Льва Толстого и многими другими его неподцензурными произведениями, благодаря членам «Ольденбургского кружка», которые гектографировали их.