Прибыв к войскам, Кутузов приказал продолжить отступление, хотя военный совет проголосовал за генеральное сражение. Опытный полководец понял замысел своего предшественника. Полки остановились на тогда еще никому не известном поле у деревеньки Бородино и начали окапываться, готовясь к сражению.
Оно состоялось. Битва началась ранним утром 26 августа 1812 года и продолжалась до наступления темноты.
Французы не победили. Русские не проиграли.
Потери обеих сторон были огромны. В ночь на 27 августа Кутузов, еще не зная точной величины потерь, написал императору донесение о храбрости своих солдат и о том, что неприятель не победил. В этот момент ему сообщили, что потери его армии превышают сорок тысяч человек только убитыми. О том, что французы потеряли еще больше, стало известно гораздо позже. Кутузов, собиравшийся утром продолжить сражение, приказал войскам отходить. Он дописал в донесении, что из-за больших потерь вынужден отступить за Можайск.
Император очень хотел получить добрую весть. Бодрый тон донесения он принял за уверенность победителя. Слова об отходе Александр воспринял как сообщение о смене позиции перед продолжением сражения. Император повелел служить во всех храмах благодарственные молебны, возглашая победу над французами, и щедро наградить героев Бородинского сражения. Кутузов был произведен в фельдмаршалы.
Всю следующую неделю Александр Павлович, двор, все жители столицы пребывали в неведении. Лишь 7 сентября стало известно об оставлении Москвы, о том, что город занят Наполеоном и горит, а армия Кутузова уходит из старой столицы. Прочитав донесение, император поседел, но не утратил твердости, желания сражаться с захватчиками до победного конца. Донесение Кутузова, привезенное на следующий день полковником Мишо, лишь укрепило его уверенность в том, что враг будет изгнан с русской земли. Слушая рассказ полковника, Государь поклялся, что каждый герой этого сражения будет вознагражден, и слово свое сдержал.
Однако в обществе оставление Москвы и дальнейшее отступление армии породили всеобщее возмущение. Многие полагали Государя виновным в происходящем, и полицейские чины допускали возможность покушения на него. Раздавались и обвинения Кутузова в трусости, в то время как он собирал в Тарутине разрозненные силы в один мощный кулак, попутно организуя партизанские рейды в тыл французов.
6 октября Кутузов атаковал корпус маршала Мюрата и вынудил его отойти к Москве, а 15 октября с вестью об этой победе к императору прибыл все тот же полковник Мишо. Александр Павлович принял его с радостью, но, услышав, что в войсках ждут, когда же он сам возглавит армию, лишь покачал головой и ответил: «Пусть пожинают лавры те, которые более меня достойны их».
Теперь захватчики только отступали. Ошибки русских генералов и полководческий гений Бонапарта позволили французам избежать полного разгрома, но границу, так и не стертую с французских карт, пересекли не более двадцати тысяч солдат армии, недавно называемой великой.
Заграничный поход русских войск, начавшийся 1 января 1813 года, представлял собой поначалу безостановочное наступление вплоть до середины апреля. Кутузову, обожаемому всеми, становилось все хуже. Он вынужден был оставить войска и, несмотря на все усилия лучших медиков Европы, скончался 16 апреля.
Четыре дня спустя под Лютценом в упорном сражении Наполеону удалось ненадолго переломить ход войны. Но в середине августа под Кульмом французы снова были биты. После трехдневного сражения 18 августа в плен сдалось более 12 тысяч человек во главе с командующим корпусом генералом Вандамом. Одновременно пришли вести о победах союзников. Александр, который впервые собственными глазами видел, как маршируют тысячи пленных, сдавшихся его армии, считал этот день одним из самых счастливых в своей жизни.
Впереди еще были другие битвы, торжественный въезд в Париж в марте 1814 года, интриги союзников по поводу будущего Франции, арест Наполеона и его ссылка на остров Эльба. Король Людовик XVIII, взошедший в итоге на французский престол, всячески пытался показать, что ничем России не обязан. Но все же он уступил требованию Александра принять хартию, то есть конституцию, которая гарантировала бы соблюдение гражданских свобод и не позволила бы роялистам, вернувшимся в страну, устроить резню своих противников.
Многие полагали Государя виновным в оставлении Москвы (А. Д. Кившенко «Военный совет в Филях», 1880)
Только 12 июля, побывав в Англии, Голландии и на родине жены в Бадене, император въехал в Павловск. Окружение императора не сразу заметило, что Александр Павлович потерял интерес к балам и празднествам, все чаще уединялся с книгой или своими мыслями. Самые сведущие утверждали, что в Европе император часто встречался с философами, писателями-мистиками и религиозными деятелями разных течений, которые так повлияли на него.