Политической силой русская митрополия была издавна, притом силой, тесно связанной с великим княжением и великокняжеским боярством. В истории Северо-Восточной Руси значителен момент, когда упадок реальной силы великих князей владимирских придал митрополичьему двору владимирскому значение центра объединительных тенденций, вылившихся как в литературной деятельности этого двора, так и в его влиянии на политические тенденции великокняжеского боярства. В начале XIV в. выясняется бессилие Владимира сыграть роль центра подобных стремлений, и боярство великокняжеское бросается сперва в Тверь, а по неудаче великокняжеской политики Михаила Ярославича тверского начинает тянуть к Москве. Одновременно с боярством на сторону Москвы все определеннее становится и сама митрополия. Митрополит Петр (13081326 гг.) в решительной оппозиции великому князю Михаилу тверскому [и] друг Калиты. Он первый пустил в ход «церковное неблагословение» как политическое орудие, остановившее решительные шаги тверской политики. Ему же принадлежит акт укрепления светской силы митрополии на основании, независимом от княжеской воли. И эта, так укрепленная сила, в те же годы митрополита Петра уяснила себе, что единственный возможный политический центр Великороссии, способный сыграть ту роль, какая нужна для церкви и ее интересов, для осуществления той более широкой политики, о какой мечтали при митрополичьем дворе и в среде бояр великокняжеского двора владимирского, – в Москве. В это политическое течение втягивается пришлый из южной Галичины Петр, втягивается и его преемник грек Феогност (1328–1353 гг.), хотя оба попали на митрополию без и против воли московского великого князя.
Укрепить союз митрополии с великим княжением Московским можно было, только подчинив самый выбор кандидатов в митрополиты интересам политики московской. Есть известие, что уже Петр и в этом отношении вошел в виды Ивана Калиты и «воименова», по соглашению с ним, какого-то архимандрита Федора себе в преемники. Но тогда Калита еще не был великим князем владимирским, и провести кандидатуру Федора не удалось. Зато Феогност подготовил и провел на митрополию после себя русского митрополита Алексея, человека из московской служилой среды, своего человека при дворе великого князя, по-видимому, сына московского тысяцкого при Иване Калите. Крупный государственный деятель, Алексей всецело связал судьбы и интересы митрополии с политикой великих князей московских, расширив ее кругозор и задачи до подлинно общерусской, православно-национальной программы. Авторитет митрополита, а в случае надобности и патриарха константинопольского выдвигается при нем в пользу Москвы в ее счетах с другими русскими князьями и в столкновениях с великим князем литовским. Митрополия при нем приняла всецело московский характер; митрополичий и великокняжеский дворы объединены тождеством стремлений и личного состава из служилого боярства московского; из той же среды выходят видные церковные деятели с Сергием Радонежским и его кругом во главе. Можно сказать, что московский великокняжеский двор вплотную ассимилирует себе верхи церковной иерархии в политическом и социальном отношении. Но в годину смерти Алексея обстоятельства так сложились, что возникла некоторая реакция против поглощения митрополии государством Московским. Отказ св. Сергия принять бремя Алексеева наследства и нежданная кончина архимандрита Михаила-Митяя, великокняжеского кандидата на кафедру, открыли период смут в делах митрополии, который закончился только через 12 лет по смерти Алексея (1378–1390 гг.) вынужденным принятием на митрополию Киприана, болгарина, чуждого московским интересам и положившего свое честолюбие в том, чтобы вести свою политику, самостоятельную и построенную на поддержке своего влияния не по-московски, а особого от московской политики и в Твери, и в Великом княжестве Литовском, и в Новгороде, и в Константинополе.