В таких условиях окрепла фактическая автокефальность русской церкви. И старая мысль, поставленная на очередь Митяем, не только осуществилась в исключительных обстоятельствах, а стала нормой на будущее время. Есть известия, что были возражения против нее: Пафнутий Боровский, боярин Василий Кутузов и другие не хотели было признавать митрополита без патриаршего благословения, но спор был разрешен «по свидетельству священных правил» в пользу Ионы и желания великого князя. На деле, однако, не выбор соборный считался основой избрания, а наречение предшественником, чему были прецеденты, по соглашению великого князя. Так, Иона написал даже грамоту благословенную на имя архиепископа ростовского Феодосия и положил ее на престол Успенского собора, а по провозглашении его епископским собором, великий князь Василий утвердил его и дал ему митрополию. Так и Феодосий нарек себе преемника Филиппа. С тех пор русская митрополия окончательно теряет всякую печать экстерриториальности и становится государственным учреждением великого княжества Московского. Дело, начатое святителями Петром и Алексеем, завершилось. И третьим «святым» митрополитом стал Иона: в год его смерти [архиепископ] Иона, владыка новгородский, составил ему канон, а в 1472 г. Иван III и митрополит Филипп установили ему местное почитание, а [митрополит] Макарий на соборе 1547 г. прославил его общецерковным празднованием его святой памяти.
Первым делом Ионы была канонизация митрополита Алексея– торжественное признание его традиций. Это было в момент, когда Москва вышла окрепшей из тяжкой внутренней смуты и могла идти уверенно к завершению дела Калиты и митрополита Алексея. На престоле митрополичьем снова человек подходящий, воспитанный в семье служилых вотчинников и в подмосковном Симонове монастыре, строения племянника св. Сергия – Федора, бывшего духовником Дмитрия Донского. Пастырская деятельность Ионы тесно сплетена с великокняжеской политикой. К его посредничеству в переговорах с великим князем обращаются король польский, новгородцы. Грозу церковного отлучения направляет он на крамольного Шемяку и его союзников. Пишет вятчанам увещания покориться великому князю и добить ему челом, и отстать от разбойных обычаев под страхом отлучения от милости божией и своего благословения, чтобы в вотчине его «сына», великого князя, не чинилось сопротивных дел. Наставляет псковичей о верности их соглашению с их «отчичем и дедичем», князем великим. Естественным в связи с восстановлением московского характера митрополии является уже окончательное отторжение от нее с 1458 г. епархий западнорусских в особую митрополию.
С ослаблением Москвы за время 1380–1447 гг., когда она с таким трудом справлялась с внешними затруднениями и потеряла влияние на митрополию, связано развитие кризиса ее внутреннего строя, того единства, в котором она было окрепла.