Василий вернулся из плена обремененный тяжким долгом, от которого крестьянству настала великая тягость. А пока он был в плену, в Москве разыгралась анархия паники. Великие княгини бежали в Ростов, бояре стали выезжать из города, как перед приходом Тохтамыша; также поднялись черные люди, грабили и в железа ковали бегущих, сами организовали охрану и ремонт укреплений. Но татары не пришли, зато поднялся Шемяка, которому Улу-Махмет послал посла с извещением о плене великого князя. Но раньше, чем он успел столковаться с ханом, Василий уже достиг этого и вышел на свободу. Шемяка, боясь мести, использовал недовольство против Василия, поднял Ивана можайского и, опираясь на сочувствующих в самой Москве, да, видимо, и в Троицкой лавре, захватил великого князя на богомолье у св. Сергия, ослепил и сослал в Углич, а Софью Витовтовну в Чухлому. Детей его, нашедших убежище с князьями Ряполовскими в Муроме, Шемяка заманил «на епитрахиль» епископа рязанского Ионы и сослал к отцу в Углич.
Тотчас началось сильное движение в пользу великого князя. Его сторонники сорганизовались в Литве, кругом Василия Ярославича (князя боровского) и Семена оболенского, туда же ушел из Москвы Федор Басенок. Ряполовские, Стрига и другие собирали силу идти на Устюг, а потом пошли на соединение с Василием Ярославичем. В Москве брожение в людях и резкий протест Ионы заставили Шемяку освободить Василия и дать ему отчину – Вологду. Князья укрепились крестным целованием, но кирилловский игумен Трифон с братьею снял на свою душу крестное целование с Василия, и тот ушел в Тверь, где уладился с князем Борисом, закрепив союз помолвкой пятилетней Марьи Борисовны с семилетним Иваном Васильевичем. Подошли сторонники из Литвы, пришли царевичи татарские. Москва захвачена, Иван можайский в плену, Шемяка снова в бегах, но только чтобы собраться с силой. Дал он на себя великому князю «проклятые грамоты», пытался возобновить борьбу, но, покинутый Иваном можайским и другими, смирился и от мести Василия был вынужден через год бежать в Новгород, откуда еще пытался перейти в наступление, пока в июле 1453 г. не «умре напрасно» от «лютого зелья», подосланного заботой московского дьяка Стефана Бородатого.
Так исчерпана была смута, потрясшая резко и грубо все традиции, растоптавшая старину и пошлину. Захваты и переделы владений, ослепления, отравление, предательства, интриги не только князей и бояр, но и «гостей-суконников» и старцев-монахов, продававших в Москве своего великого князя, татарские симпатии и союзы Василия – все это должно было пройти перед обществом московским как поругание обычного уклада отношений и воззрений. Это не великая смута XVII в., не захвачены были ею устои общественного строя, и поляки, назвавшие ту «великую разруху» «московской трагедией», эту назвали бы разве «московской мелодрамой».
Но строй междукняжеских отношений вышел из нее в развалинах. Обильно заключались и нарушались договоры, в содержании которых все больше произвола, все меньше закрепления обычно-правового уклада. Рушился строй братской семьи. Сошли со сцены и дяди Василия Васильевича, и его двоюродные братья. Из удельных князей остались два племянника Андреевича – Иван можайский и Михаил верейский, да дальний родич Василий боровский, внук Владимира Андреевича, брат жены великого князя Марьи. Уцелевшие на мелких вотчинах суздальские князья всколыхнулись смутой и заволостились со старшими князьями, мечтая о возврате Суздаля и того положения, какое занимал когда-то Дмитрий Константинович при Дмитрии Донском. Их договор с Шемякой сулил им и Суздаль, и Новгород, и Городец, и Вятку – их «прадедину и дедину и отчину». Иван можайский, лавируя между боровшимися силами, стал в конце концов на сторону Шемяки, мечтая о приобретении больших владений. Дело шло не то о реставрации прежних крупных отчин, не то о произвольном разделе владений великокняжеских.
Покончив со смутой, великий князь Василий вышел из нее сильнее прежнего. На другой год по смерти Шемяки он подчинил себе Можайск, в 1455 г. бежит в Новгород суздальский княжич шуйский князь Василий Васильевич Гребенка, пошедший на московскую службу только при Иване III; в 1456 г. опала обрушилась на верного союзника Василия в годину его бед – Василия боровского: ему великий князь за услуги дал слишком много. Василий Ярославич владел то Дмитровым, то Звенигородом и Бежецким Верхом, то опять, сверх своего, и Дмитровским уделом. Кончилось дело его заточением до смерти (1483 г.) и потерей всех его владений в пользу великого князя. Сын его Иван в Литве. В пределах великого княжества Московского Василий Васильевич единодержавен, т. к. верейское княжество Михаила Андреевича столь же мало нарушало это единство, как тот же удел в руках Андрея Ивановича и Владимира Андреевича при Василии III и Иване Грозном.