А. Е. Голованов организовал в институте лётно-испытательный отряд, мечтал со временем превратить весь институт в лётно-испытательный и очень стремился к этому. Но верх взяла другая точка зрения: научно-исследовательский институт определили головным по всей авиационной науке.
В шестидесятых годах в народном хозяйстве начали широко применяться вертолёты. Они стали незаменимыми помощниками в строительных и монтажных работах в самых труднопроходимых местах и на объектах, где с успехом совершали операции, которые были не по силам монтажным кранам. Голованов много и настойчиво занимался внедрением в практику винтокрылых машин, разрабатывая методики сложнейших операций. Выезды в командировки на места помогали успешно решать эту задачу.
Он окунулся в новое дело как в родную стихию. Самолёты, лётчики, аэродромы – что может быть прекраснее?! Тут уже испытывали принципиально новые самолёты – реактивные. Но до штурвала он всё же добрался. Попробовал – получается. Летал, много летал. Менял самолёты. Участвовал в испытаниях. Он был всецело поглощён своим делом, работал много, увлечённо, даже с азартом и лишь к шестидесяти годам окончательно сошёл с пилотского кресла.
Его авторитет и сила влияния были высоки, он брался за всё, что затрагивало интересы института в любой области. И институтский народ со своими проблемами чаще всего и шёл к нему, к А. Е. Голованову. Поговаривали даже, будто Александр Евгеньевич претендовал на роль начальника института. Его предложение о реорганизации института не нашло поддержки вверху, назревал конфликт с министром Гражданской авиации маршалом Е. Ф. Логиновым (бывшим комкором АДД, его подчинённым). В июне 1966 года А. Е. Голованов вынужден был уйти на пенсию. В министерстве запоздалым приказом в конце года он был награждён почётным знаком за налёт семи тысяч часов.
Пенсию ему назначили небольшую, всего-навсего 1800 рублей. Половина пенсии шла на оплату квартиры в Доме на набережной: опального маршала лишили всех льгот по оплате жилья, 500 рублей он ежемесячно посылал своей старенькой матери. В итоге семья, имевшая пятерых детей, была вынуждена жить на 400 рублей в месяц. Даже в те скудные времена это было намного ниже прожиточного минимума. Выручало подсобное хозяйство на даче, гектар земли на Икше.
Полгектара засевали картошкой, все сбережения потратили на корову и лошадь. Его жена Тамара Васильевна сама вела хозяйство, доила корову, ухаживала за ней, делала творог, варила сыр. Сам маршал очень много работал на земле, ходил за плугом, который тащила его лошадка Копчик, любимица всей семьи. Александр Евгеньевич даже научился делать вино из ягод. Когда нужны были деньги для покупки школьной формы для детей, Головановы всей семьёй собирали ягоды и сдавали их в комиссионный магазин.
Он дважды был в гостях у иркутских авиаторов: в 1963 и 1970 годах. На одной из встреч с авиаторами прославленный лётчик и военачальник А. Е. Голованов сказал: «…
На встрече ветеранов в Барановичах 7 августа 1971 года А. Е. Голованов сказал: «…