22 ноября 1906 года в Петербурге открылся судебный процесс по делу сдачи небогатовского отряда. Кроме адмирала обвинялись все офицеры броненосца в том, что, будучи осведомлены о принятом начальником эскадры решении сдать корабль без боя неприятелю, вопреки требованиям воинской чести и правилам Морского Устава, они, имея возможность, не предупредили этого преступления. Обвинителем выступил товарищ главного военно-морского прокурора генерал-майор Вогак, утверждавший, что честь России и Андреевского флага превыше всего, в том числе и личной жизни. Защита была представлена «лучшими силами адвокатуры», как писалось тогда, и она единогласно возражала: жертвовать жизнями двух тысяч человек ради «чести» в заведомо безнадежном бою нелогично и негуманно. Защитники пошли и дальше, речь адвоката Бабянского кончалась так: «Офицеры, сидящие здесь на скамье подсудимых, как и многие тысячи других, явились лишь невольными жертвами великой исторической драмы, которая знаменует крушение старого порядка, основанного на произволе и безответственности», имея в виду сам факт посылки властями кораблей Небогатова в Цусиму. Председатель суда этого не выдержал и прервал выступление.
Решающим было, конечно, выступление самого Небогатова. Он, подробно охарактеризовав сложившуюся 15 мая 1905 года ситуацию, заключил: «Я не из мягкосердечных и положил бы 50 тысяч жизней, если бы был уверен, что от этого будет какая-нибудь польза для России, но положить тысячи молодых жизней ни за что я не счел себя вправе… Я лично приказал поднять сигнал о сдаче, и если бы встретил в ком-либо сопротивление, то, конечно, подавил бы его силой… У меня одно теперь лежит на сердце: высшим приговором, справедливым и беспристрастным, вы поставите каждого из нас на заслуженное им место, но есть люди – это кондуктора, боцмана, нижние чины, которые не удостоились суда и которые так и останутся позорно исключенными из службы… и если вы, господа судьи, что-нибудь можете сделать в этом случае, я покорнейше прошу вас ходатайствовать этим чинам воинского звания». Заботясь о будущем своих подчиненных, Николай Иванович прекрасно понимал еще в Японском море, какой приговор его может ждать. Поэтому поступок контр-адмирала Небогатова требовал немалого гражданского мужества, которое иногда выше воинской доблести.
Разжалованные адмирал Небогатов и командир броненосца капитан 1 ранга Смирнов были приговорены к смертной казни, но суд, «приняв во внимание уменьшающие вину обстоятельства, постановил: ходатайствовать перед Государем Императором о замене смертной казни заточением в крепости… каждого на десять лет и дальнейшую участь подсудимых повергнуть на Монаршее милосердие». Небогатов и Смирнов были освобождены из крепости по амнистии в 1909 году. Капитаны 2 ранга В. А. Кросс (флаг-капитан Небогатова) и П. И. Ведерников (старший офицер) подверглись заключению в крепости соответственно на 4 и 3 месяца. Всех остальных офицеров броненосца «Император Николай I» суд оправдал.
Николай Парфенович Курош человеком был неоднозначным, в литературе упоминается и о его пристрасти к вину, и о расправах над матросами, но в одном ему не откажешь – в честности и прямолинейности суждений, и, как показали события 1907 года, он был храбрым и преданным родине офицером. Еще из плена, 12 декабря 1905 года, Курош послал письмо генерал-лейтенанту А. С. Кроткову в Петербург, в котором, оправдывая сдачу, прямо высказал мнение многих офицеров своего корабля о ее причинах: «Глубокоуважаемый Аполлон Семенович! Поздравляю Вас, Ваше Превосходительство, с Новым годом с пожеланием всего лучшего… в предстоящем 1906 году. Да! Был 905 год, вспомнить страшно! Прилагаю при сём фотографии «Орла» и другие и личные мои замечания о Цусимском бое, и если хоть 1/10 000 доля моих замечаний принесёт пользу, то я буду считать себя счастливым человеком… сдали в плен, да ещё на броненосце "Император Николай I". Этот император говорил: "Где раз поднят Андреевский флаг, то он не спускается". Да, это было правильно, если бы он был поднят на боевом корабле, а не на железном ящике! Андреевский флаг мы должны любить и преклоняться перед ним, это наше Знамя, и не надо поднимать его на чём попало, тогда и спускать не придётся… Н. И. Небогатов поступил, конечно, против традиций, но какие тут традиции, когда около Николая, Сенявина, Апраксина… и избитого Орла образовалось кольцо из 27 неприятельских кораблей… Люди его покарали, но Бог вознаградил». Возможно, это первое известие, пришедшее в столицу, о настроениях и убеждениях непосредственных участников Цусимского сражения на старых и непригодных к современному бою кораблях.