Одна их ярких страниц в истории Перечиц относится к XVII в. Столбовский мир 1617 г., заключенный между Россией и Швецией, обрек на иноземный гнет многочисленное русское население оставшейся за шведами Ижорской земли. Русские крестьяне и посадские люди во все возрастающем количестве стали перебегать из оккупированных земель на русские заставы и проситься «на государеву сторону», говоря, «и хоти де нас государь велит перевешать, то нам де хоти попов дадут покаяться». К середине XVII в. исход русских с Ижорской земли принял массовый характер. По требованию шведской стороны в 1649 г. в Стокгольм была направлена русская делегация во главе с окольничим Борисом Ивановичем Пушкиным, представителем старшей, новгородской линии рода Пушкиных. На какое-то время в русско-шведских отношениях установилось шаткое затишье, до тех пор, пока шведский король Карл X не вмешался в начавшуюся в 1654 г. войну Московского государства с Польшей из-за Украины и Белоруссии. Шведские отряды стали занимать города в Литве, вторгаясь и в уже завоеванные Россией места. В 1656 г. напряженные отношения между Москвой и Стокгольмом вылились в откровенную войну.
В ее преддверии русские успели построить вдоль своей границы цепь острогов и застав. «Находясь в расстоянии 15–20 верст один от другого, острожки преграждали дороги, шедшие из шведских владений в новгородские и псковские земли, охраняли переправы через порубежные реки». Перечицы также входили в состав этого оборонительного пояса – далекого предтечи героического Лужского рубежа, созданного на подступах к Ленинграду в начале Великой Отечественной войны.
5 июня русские ратники под командованием воеводы Сомерской вол. Данилы Неплюева отразили шведский натиск на Сапский и Пелецкий броды на р. Луге. В это же время шведская флотилия вошла в Ладожское озеро, вступив 15 июня в бой с русскими судами у Зеленецкого острова и потерпев сокрушительное поражение. «Нападение, произведенное 15 июня, было согласовано с одновременной диверсией в другой части… театра военный действий. 17 июня отряд противника совершил набег на деревню Перечицы Бутковского погоста… Нападавшие разграбили и сожгли церковь, помещичьи и крестьянские дворы, угнали скот и забрали в плен 15 крестьян.
…Нападение на деревню Перечицы вызвало немедленную организацию партизанского отряда (может быть, первого в истории Лужского края. –
Крестьянский отряд не посрамил себя в отличие от отряда, посланного ему на помощь тесовским воеводой князем Богданом Елецким и состоящего из 40 человек „дворян и детей боярских“. Последние, достигнув Перечиц и не встретя врага, дальше продвигаться не рискнули „для того, что те неметцкие люди пошли назад за рубеж крепкими месты и в тех местех чаяли у них больших неметцких людей“. Преследовать врага, чтобы отбить своих, пришлось одному крестьянскому отряду, которого не устрашила возможность встречи с „большими неметцкими людьми“».
Церковь в Перечицах скорее всего восстановили в начале XVIII в. Во всяком случае, ее исповедальные росписи нам известны с 1737 г. В них мы встречаем имена уже знакомого нам Андрея Павловича Пушкина и его родителей: к тому времени умершего Павла Пушкина и его супруги, 40-летней Анны Воиновны (урожд. Муравьевой). Самому Андрею Павловичу в 1737 г., как значится в исповедальной книге, исполнилось 5 лет, что значительно расходится с общепринятой датой его рождения в 1728 г.
Перечицы были вотчиной этой линии Пушкиных с 1570-х гг. Не исключено, что одним из сожженных шведами в Перечицах помещичьих дворов стала усадьба деда Андрея Павловича Пушкина – Кирилла Ильича.
Брак Елизаветы Абрамовны Ганнибал с Андреем Павловичем Пушкиным совершен в 1754 г. Так впервые, за 42 года до свадьбы родителей А. С. Пушкина, род Ганнибалов соединился с родом Пушкиных. Более того, этим же браком было заложено сближение старшей и младшей ветвей самого пушкинского рода. Дело в том, что представители старшей ветви Пушкиных оказались на поместьях в Новгороде, «и в силу сложившихся исторических судеб они долгое время служили не московским государям, как предки поэта, а новгородским не то что князьям, но даже владыкам. От этой, хотя и старшей ветви, остальные Пушкины пытались отмежеваться как от захудалой», говоря „А мы… новгородцами… быти не хотим, и ими не считаемся, а считаемся мы своею лествицею“, то есть родословной» (В. П. Старк).