В 1899 году на пожертвования прихожан в приделах установили резные золоченые иконостасы. В правом приделе освятили престол во имя Свт. Николая Чудотворца, в левом разместили ризницу. С этого времени храм стал двупрестольным.
Каменную поддубскую церковь закрыли в 1940 г. По словам старожилов, церковь пережила войну в относительной сохранности, с уцелевшей крышей. В послевоенные годы в ней проживали военнослужащие, занятые разминированием данной местности, сезонные работники. К этому времени надгробья над захоронениями внутри церкви были опрокинуты и расколоты.
В бывшем доме священника открыли начальную школу с квартирой для учительницы. С принятием решения о ликвидации бесперспективных деревень школу закрыли. С этого времени началось расхищение остатков каменной церкви. Однако из-за плохого качества ее кирпич не мог быть использован для нового строительства. В результате на месте храма образовался высокий холм из строительного мусора и наносного почвенного слоя.
Больше повезло старой деревянной церкви. Еще до строительства каменного храма и годы спустя после его освящения она стояла пустующей. Между тем в Поддубье, кроме вновь образовавшегося кладбища при каменной церкви, продолжало действовать древнее кладбище, в поле за окраиной села, с южной стороны дороги в д. Бор. Именно сюда сын И. И. Неплюева Николай Иванович перенес деревянную церковь, получив благословение Духовной консистории от 4 апреля 1783 г.
Несмотря на основательный ремонт, сделанный в 1859 г., деревянная поддубская церковь продолжала быть скромных размеров, имея длину вместе с алтарной частью около 15 м, ширину 6,5 м и такую же высоту. При входе церковь имела деревянное крыльцо под навесом. Стены ее после ремонта были обшиты тесом и выкрашены масляной краской. Храм имел единственную главку, трехъярусный старинной живописи иконостас.
Закрытая в 1940 г. церковь вновь стала действовать в 1942 г. и была повторно закрыта в 1962 г. Здание храма отдали под клуб. Еще в 1971 г. оставалась видна валявшаяся рядом с ним церковная главка. С храмом связано много легенд, по одной из них считалось, что в ней отпевали А. С. Пушкина, когда везли его тело на погребение в Святогорский монастырь.
Церковь сгорела в 1987 г. Сегодня на ее место указывают листы железа церковной кровли, лежащие в зарослях кустарника.
Поддубский приход включал 11 окрестных деревень: Парищи, Березицы, Юбры, Эцево, Мокрово, Витово, Крени, Озерцы, Новоселье, Палицы, Бор. «Прихожане занимаются хлебопашеством, многие в Петербурге нанимаются в услужение, или поступают в полотеры». Число прихожан было 1204 мужчин и 1402 женщин. Многие брали для ухода (за плату) детей – питомцев Воспитательного дома (до 500 детей обоего пола).
Приход имел: 3 училища, из них 2 – в Поддубье: земское, в нем учились 41 мальчик и 21 девочка, и от Воспитательного дома, где обучалось 34 ребенка. Еще одно училище, также от Воспитательного дома, находилось в деревне Березицы. В нем училось 26 детей.
В Поддубье была еще одна церковь, практически не известная исследователям, хотя о ней упоминается и самим И. И. Неплюевым в его «Записках», и в популярнейшей книге историка М. И. Пыляева, посвященной окрестностям Петербурга.
В «Записках» за 1773 г. читаем: «Октября 4-го дня получил я от сына моего обрадовавшее меня даже до слез письмо, коим он меня известил, что ее величество… сочетала брачным союзом любезнейшего своего сына, его императорское высочество… с ее императорским высочеством великою княгиней Наталиею Алексеевною, и что сын мой всемилостивейше пожалован в Правительствующий Сенат в обер-прокуроры. Сколь я ни слаб был, однако ту ж самую минуту велел себя вести в домовую церковь и, собрав всех моих служителей, принесли благодарное наше с коленопреклонением молебное моление…» Упомянутую здесь домовую церковь нельзя отождествлять с деревянной церковью, стоявшей в усадебном парке. И. И. Неплюев, скорее всего, назвал бы ее старой церковью, ибо каменный храм им назван «новой церковью».
Сведения о домовой поддубской церкви содержатся в нескольких архивных источниках. Особенно полно они приводятся Николаем Ивановичем Неплюевым, новым хозяином Поддубья, в прошении на имя новгородского архиепископа от 4 августа 1783 г.
«Когда покойный родитель мой, истоща силы свои в служении к Отечеству, избрал себе жилищем оное село Поддубье… дабы по мере ослабевших сил своих являть знаки долга христианского общества… по сей причине изволил иметь в доме своем с подвижным святым антиминсом церковь во имя святителя Иоанна Милостливого, и при оной особого священника на жаловании…» Церковь была домовой, походной, освященной во имя Свт. Иоанна Милостливого.