11 июня защищавшие непосредственные подступы к форту 1-й и 2-й Кронштадтские крепостные полки (укомплектованные матросами), перебив коммунистов, перешли на сторону белых.
Во главе мятежа двух полков встали начальник сухопутной обороны Кронштадтского укрепрайона Делль и начальник левого боевого участка П. Кокоулин. Самое удивительное, что офицерам с фортов удалось абсолютно спокойно разоружить 1-й экспедиционный отряд моряков. Единственным, кто оказал противодействие, был комиссар отряда. 19 июня 1919 года он доложил о попытке П. Кокоулина арестовать одиннадцать коммунистов отряда. Заметим, что П. Кокоулин пользовался авторитетом у матросов, так как в декабре 1918 года командовал батальоном печально известного 1-го Морского Кронштадтского полка.
На замену перешедших на сторону противника полков красное командование начало спешно направлять к форту более надежные части, в том числе и «коммунистический отряд», наспех собранный из рабочих в 250 человек, во главе с комиссаром И. В. Юклявским.
Но Н. М. Неклюдов опередил. Он выступил перед пулеметной командой, призвав матросов переходить на сторону белых и арестовать всех коммунистов форта. И матросы его поддержали.
Комендант Н. М. Неклюдов и левые эсеры (что признавалось в 20-е годы и замалчивалось потом) действительно сыграли решающую роль в мятеже, но не из-за тесной связи с «правыми» белогвардейцами и военспецами, а, прежде всего, из-за тесной связи с левыми матросами. Подчиненные Н. М. Неклюдову офицеры появились в качестве участников мятежа только под утро, после того, как он ночью в течение получаса «договорился» с рядовыми. Настроение офицеров, например их сомнения о форме будущего правления, Н. М. Неклюдов склонен был почти не брать в расчет. Среди ближайших помощников Н. М. Неклюдова был левые эсеры: бывший секретарь исполкома Кронштадтского Совета, командир сводного отряда кронштадтцев в Октябрьскую революцию матрос Л. К. Гримм, а также главный коммунист Красной Горки, «председатель ЦК Коллектива форта» матрос С. Урбан. Многие рядовые матросы и красноармейцы во время мятежа называли себя левыми эсерами и считали, что они действуют, как было постановлено их ЦК. Доподлинно известно, что часть коммунистов и сочувствующих сами повлияли на участие двух батарей в мятеже. Да, они были коммунистами, но они были и матросами, и последнее в 1919 году значило гораздо больше, чем первое.
В 3 часа 13 июня отряд коммунистов прибыл в форт. Почти сразу отряд был разоружен и арестован пулемётной командой форта. Также немедленно были арестованы все коммунисты и комиссары – всего их набралось 357 человек. При этом никто сопротивления не оказал.
Утром, в 7 часов утра, Н. М. Неклюдов был неверно информирован о том, что на сторону восставших перешли гарнизоны Кронштадта и близлежащие форты – Обручев, Риф, Тотлебен, Константин, а также весь Балтийский флот. Эта же дезинформация, которая всё же была на руку мятежникам, распространилась по всему форту. Гарнизон форта был собран на плацу, и комендант объявил о мятеже. Форт перешёл в руки восставших без сопротивления.
Около 8 часов утра 13 июня 1919 года за подписью Н. М. Неклюдова из Красной Горки были посланы две радиотелеграммы. Первая – в Биоркэ командующему английским флотом: «Красная Горка в вашем распоряжении» и вторая – гарнизону Кронштадта: «Присоединитесь к нам, иначе Кронштадт будет уничтожен».
В 15 часов 13 июня мятежники Красной Горки предъявили ультиматум Кронштадту сдаться через 15 минут. При этом мятежники объявили и свой лозунг – «Довольно братской крови!»