Наличие различных политических систем в странах региона затрудняло поступательное развитие двусторонних отношений между ними и развитие Южной Азии в целом. Разделение субконтинента на несколько государств разрушило привычные экономические взаимосвязи и создало новые экономические структуры, существующие обособленно друг от друга. Различен был уровень социально-экономического развития стран региона, неодинаковы стратегии экономического и политического развития. Отсутствовал консенсус по проблемам региональной безопасности. Внутриполитическая обстановка в странах региона, и в первую очередь в Пакистане и Бангладеш, оказывала значительное воздействие на состояние отношений Индии с этими странами и на обстановку в самой Индии. Наибольшие сложности возникли между Индией и этими двумя государствами, что связано с их нестабильной внутриполитической ситуацией, неоднократными военными переворотами и сменой правительств, а также с неурегулированными пограничными проблемами и территориальными претензиями. Веками складывавшиеся исторические области Индостана — Бенгалия, Панджаб, Кашмир — оказались разрезанными современными государственными границами (или границами штатов). Западная Бенгалия стала индийским штатом, Восточная Бенгалия — Бангладеш. Исторические области Панджаб, Джамму и Кашмир разделены между Пакистаном и Индией.
Кашмирский вопрос стал причиной индийско-пакистанских войн 1947-1948 гг., 1965 г. и частично — 1971 г., а также многочисленных локальных конфликтов, перерастающих в боевые действия. Обострение ситуации вокруг Кашмира с начала 1990-х годов связано с территориальным спором вокруг ледника Сиачен, расположенного в горах Карокорума и ставшего ареной вооруженных столкновений между спецподразделениями армий двух стран. Значительную роль в развитии конфликта сыграли исламские экстремистские группировки, разжигающие сепаратистские настроения и религиозную нетерпимость. Этот процесс имел негативные последствия и для внутреннего развития Индии. Рост исламского фундаментализма в Пакистане оказывал воздействие, с одной стороны, на индийское мусульманское население, а с другой — на индусские коммуналистские силы и приводил к укреплению религиозного фундаментализма в Индии, что угрожало стабильности парламентской демократии, основанной на секуляризме. Территориальные споры Индии и Пакистана относительно ряда районов Пригималайского региона затрагивали интересы Китая, оспорившего участки границы между Тибетом и Ладакхом и претендующего на часть Северных территорий, находящихся под контролем Пакистана, но считающихся Индией составной частью штата Джамму и Кашмир.
Проблемы во взаимоотношениях стран Южноазиатского региона затрагивают различные аспекты: территориальные и пограничные, этноконфессиональные и миграционные, экономические, военные, политические. Конфликтность развития стран Южной Азии, переходящая в открытые военные столкновения, явилась характерной чертой их развития. Доминирование Индии в регионе порождало стремление ее соседей к блокированию друг с другом для создания противовеса этому. Кашмирский вопрос, сикхская проблема, сингало-тамильский межэтнический конфликт самым серьезным образом осложняли ситуацию в Южной Азии. Это приводило к активизации попыток сопредельных с Индией государств разрешать внутрирегиональные проблемы путем международного арбитража. Такова устойчивая позиция пакистанской стороны в споре вокруг Кашмира. В 1950-1970-е годы Пакистан входил в военно-политические блоки СЕАТО (до 1973 г.) и СЕНТО (до 1979 г.), последовательно налаживал отношения с мусульманскими странами Ближнего и Среднего Востока, стал активным членом Организации Исламская конференция — ОИК (с 1969 г.). Шри-Ланка поддерживала тесные связи с буддийскими странами Юго-Восточной Азии, рассчитывая на экономическое партнерство с ними и интеграцию в АСЕАН. Серьезно осложняла взаимоотношения Шри-Ланки и Индии сингало-тамильская проблема.
Значительное воздействие на страны Южной Азии оказала холодная война: Индия имела тесные двусторонние отношения с СССР, в то время как Пакистан тяготел к сотрудничеству с США и Великобританией. При этом у государств региона есть опыт кооперации и совместных действий. Так, страны Южной Азии, испытав воздействие маоистской китайской пропаганды, породившей левоэкстремистские движения в Индии, Непале, Шри-Ланке, боролись с ними совместными усилиями правительственных сил. Государства Южной Азии проявляли солидарность по ряду международных вопросов в рамках Движения неприсоединения и в ООН, однако совместная платформа действий в международных организациях ими сформирована не была.