Первая реформа в 1991 году создала основу новой налоговой системы России. Касательно межбюджетных отношений, из прежнего опыта заимствовали концепцию «регулирующих налогов» с распределением поступлений по основным налогам между бюджетами разных уровней. Именно тогда был упущен момент, когда можно было разделять полномочия, а не деньги. На тот момент, «стихийная», как и все новое, децентрализация привела к росту доли территориальных бюджетов в доходах и расходах бюджетной системы, но без четкой законодательной базы, в режиме политических торгов.
Вторая реформа, проведенная в конце 1993–1994 гг., была первой системной реформой межбюджетных отношений: установили единые нормативы отчислений от основных федеральных налогов в бюджеты регионов; расширили налоговые полномочия субъектов Федерации (фактически ввели региональный налог на прибыль); создали Фонд финансовой поддержки регионов, средства которого впервые стали распределяться на основе формулы.
Созданная к середине 1990-х гг. система межбюджетных отношений была приближена к признакам бюджетного федерализма, но законодательная база имела слабую структуру. В 1996–1998 гг. можно было наблюдать сильнейший кризис в межбюджетных отношениях, массовое не исполнение бюджетов, задержки в выплате зарплаты работникам бюджетной сферы, рост долгов региональных и местных бюджетов.
В 1998 году Правительством Российской Федерации была разработана и одобрена первая в этой сфере среднесрочная программа – Концепция реформирования межбюджетных отношений в Российской Федерации в 1999–2001 гг. Поставленные в ней цели частично были достигнуты. Отличительной и самой важной чертой 2000 года стало введение Бюджетного кодекса, где сформировались попытки установить более четкие границы право применения Налогового, Гражданского и Бюджетного законодательства [11].
Основной задачей являлось формирование новой системы финансовой поддержки субъектов Федерации. Поэтому серьезное реформирование претерпел Фонд финансовой поддержки регионов (ФФПР), а также внедрили методику распределения трансфертов, направленных на выравнивание бюджетной обеспеченности регионов и при этом стимулирующих на проведение на местах рациональной и ответственной бюджетной политики.
2001 год принес принципиально новый элемент в механизм финансовой поддержки субъектов Федерации – Фонд компенсаций. В отличие от ФФПР, который был призван выравнивать «общую» бюджетную обеспеченность, его предназначение – формирование обязательств, возложенных на бюджеты регионов федеральными законами. В 2001 году субвенции и субсидии Фонда компенсаций распределялись между всеми без исключения субъектами Федерации, без учета финансовой обеспеченности, для финансирования федеральных законов «О государственных пособиях гражданам, имеющим детей» и «О социальной защите инвалидов в Российской Федерации». Кроме того, в составе федерального бюджета созданы Фонд регионального развития (поддержка инвестиций в общественную инфраструктуру) и Фонд развития региональных финансов (поддержка на конкурсной основе бюджетных реформ).
В результате реализации Концепции можно также выделить: внесение поправок в Бюджетный кодекс, сферу по уплате налогов по месту фактической деятельности предприятий; разработка Временных методических рекомендаций субъектам Российской Федерации по регулированию межбюджетных отношений; начало реализации программы содействия на региональном уровне с привлечением Международного займа реконструкции и развития. Вернулась тенденция к индивидуализации межбюджетных отношений. Договоренности о льготах и привилегиях сменили типовые соглашения, с определением обязательств субъектов Федерации по оздоровлению государственных финансов [12].
Эта программа была одобрена Правительством, Государственной Думой и Советом Федерации. Самое важное, при ее подготовке и реализации был заложен организационный механизм контроля и «приемки» результатов, выработке и принятию согласованных решений
Свое продолжение реформа продолжила в Концепции реформирования бюджетного процесса в Российской Федерации в 2004–2006 годах, одобренной Постановлением Правительства Российской Федерации от 22 мая 2004 г. № 249, и реализовалась не только на федеральном, но и на региональном и местном уровнях бюджетной системы.
Целью Концепции стало повышение эффективности деятельности органов государственной власти Российской Федерации, субъектов и органов местного самоуправления по реализации их полномочий. Усиление качества управления государственными и муниципальными финансами на всех уровнях бюджетной системы, чтобы наиболее полно удовлетворить спрос граждан на бюджетные услуги с учетом всех различий в потребностях населения и особенностей социально-экономического развития каждой в отдельности территории.
Особо жестко повысилась бюджетная дисциплина, прозрачность и стабильность распределения финансовых ресурсов.