Император-богослов поспешил использовать предоставившийся случай и опубликовал очень многословный документ по поводу доктрины Оригена, закончив его анафемами в адрес десяти положений этой доктрины. Не довольствуясь этим эдиктом, Юстиниан еще пожелал, чтобы патриарх созвал постоянный собор и чтобы на этом соборе все епископы, находившиеся в столице, и все настоятели столичных монастырей письменно осудили ошибки Оригена. Акты этого церковного съезда предполагалось послать всем епископам и игуменам империи, чтобы те поставили свои подписи под анафемами в адрес Оригена и его ошибок. С этого времени никто не будет возведен в сан епископа или игумена, если не добавит имя Оригена к именам Сабеллия, Ария, Аполлинария, Нестория, Евтихия, Диоскора, Тимофея Элура, Петра Монга, Анфима Трапезундского, Феодосия Александрийского, Петра Апамейского, Севера Антиохийского и других еретиков, которых епископы и игумены должны были проклинать в своем Символе веры.
По-прежнему неумеренный в своем религиозном усердии, Юстиниан вскоре вмешался в новый, самый достойный сожаления из всех, спор – дискуссию о Трех Главах. Он легко дал себя убедить, что без труда вернет в православие монофизитов, которых по-прежнему было много, особенно в Египте, если осудит несторианские сочинения Феодора из Мопсуесты, одинаково ненавистные ортодоксам и монофизитам, сочинения Феодорита, направленные против святого Кирилла и Эфесского собора, и письмо Ибаса персу Марису, направленное против этого же собора. Эта ссора продолжалась десять лет, в течение которых «святейший и благочестивейший» император испробовал одно за другим все средства, вплоть до самых отвратительных жестокостей, чтобы подчинить пап своим богословским фантазиям. За несколько лет до этих событий он заявил папе Агапиту по поводу дела Анфима: «Будь одного мнения со мной, иначе я отправлю тебя в изгнание», а с папой Сильверием сделал то, что обещал его предшественнику. Так же он вел себя с папой Вигилием в течение семи лет, которые тот провел в столице империи.
В этот очень неспокойный период истории церкви папа и император с одинаковым неукротимым упорством боролись первый за сохранение священных прав своей апостольской власти, второй ради укрепления своей всеобъемлющей власти и еще больше ради удовлетворения своего смешного богословского тщеславия. Епископы с Востока, созванные государем на собор, ни место, ни условия которого не пожелал утвердить понтифик, произнесли императорский Символ веры; несмотря на отказ папы присутствовать на этом собрании и принимать участие в обсуждениях, епископы заявили, что приняли постановление по вопросам догмы; они использовали формулировки проклятий, установленные Юстинианом, по приказу императора вычеркнули из поминальных таблиц имя римского понтифика, заявляя при этом, что продолжают общаться с Апостольским престолом.
Во время этой борьбы, самой болезненной из всех, в которой ни клевета, преследования, ссылка, ни память о его собственных прежних обещаниях в конечном счете не смогли поколебать ортодоксальную веру Вигилия и в которой этот папа своей рассчитанной медлительностью в этих крайне трудных обстоятельствах охранял интересы христианства Востока и Запада лучше, чем это делал византийский император своей торопливостью; Вигилий тогда проявил мужество, возможно, менее яркое, но достойное похвалы в той же степени, что мужество Агапита. Когда церковь переживала долгий период споров, пререканий и беспорядков, зачинщиками которых стали монахи-оригенисты из Палестины и их могущественный защитник Феодор Аскида, архиепископ Кесарии Каппадокийской, сам в прошлом монах, отвлекавшие таким образом внимание Юстиниана от собственных ошибок, как вели себя монахи столицы? Встали на сторону преследуемого несчастливого папы или увеличили собой партию всемогущего императора? Неужели они, которые во всех предыдущих спорах показали себя пламенными защитниками православной веры, сражались за нее в первых рядах, были самыми прочными опорами Апостольского престола, теперь остались безразличны к вопросам, из-за которых начинал пылать в огне Восток и даже Запад?