Хитрый новый патриарх испробовал все средства, чтобы смирить этих непокорных монахов. Как читатель уже знает, на сборище 861 года он добился принятия нескольких новых канонов, регулирующих монашескую жизнь. В этих постановлениях под прикрытием горячей и усердной борьбы за дисциплину среди служителей религии легко можно разглядеть постоянную заботу Фотия о его собственных интересах, ради которых он увеличил число случаев, когда мог лично вмешаться в дела монастырей. Когда игумен Студийского монастыря Николай вместе с другими монахами и настоятелями отказался общаться с Фотием, тот добился от своего собора постановления, согласно которому священники, дьяконы и монахи, отказавшиеся от общения со своим епископом, митрополитом или патриархом или упоминания его во время святой литургии, если тот не осужден и приговорен собором, должны быть лишены сана, если это священники, и отлучены от церкви, если это монахи, до тех пор, пока они не прекратят свой раскол и не вернутся к своему епископу. Фотий считал себя единственным законным прелатом, еще ни один собор не осудил его, а Игнатий только что был низложен собранием, заседавшим в церкви Святых Апостолов; значит, священнослужители должны были общаться только с Фотием.
Игнатиане имели обычай служить литургию в частных молельнях, показывая этим свое твердое и неизменное желание не иметь даже внешней видимости общения с преследователем Игнатия. Одним из новых канонов Фотий запретил служить литургию в частных молельнях и проводить в них церковные обряды без разрешения епископа.
Еще несколько канонов были приняты, чтобы больше прежнего ограничить свободу монахов. Возобновив запрет строить монастыри без разрешения и без ведома епископа, собор запретил постригать кого-либо в монахи в отсутствие настоятеля монастыря; любого, кто сделал бы это не в присутствии игумена, полагалось лишить должности, а принятого им монаха отослать в другой монастырь по выбору епископа.
Таким образом, монахи, чьи настоятели вследствие добровольного или насильственного изгнания перестали общаться с Фотием, лишились возможности принимать к себе новых послушников и пополнять свои ряды. А игуменов, которых прелат подозревал в пренебрежении делами, в слабости или в неспособности выполнить должностные обязанности, полагалось отлучать и лишать должности.
Многие столичные монахи покинули свои монастыри и стали искать другие убежища, где они сами и их убеждения были бы в безопасности. По словам Фотия, такое поведение было похвальным во время иконоборческой ереси. Благочестие, направлявшее поступки тогдашних монахов, было достойно всех похвал, но теперь, добавили составители канона, такое поведение неразумно и смешно. Религия всюду пользуется уважением, церковь очищена от всех видов соблазна, однако монахи и теперь уходят из своих монастырей и, словно неудержимый поток, который растекается повсюду, расходятся во все стороны, собираются вместе, нарушают порядок в монастырях, живут среди тревог и лишают себя блага повиновения. Их притязания невозможно терпеть. Чтобы прекратить это и положить конец такой неустойчивости, святой собор постановил, что каждый монах, который покидает свой монастырь и укрывается в другом монастыре или в доме мирянина, и тот, кто принял его у себя, будут отлучены от церкви до дня, когда монах вернется в свой прежний монастырь. Если же сам епископ, уверенный в благочестии и добродетели некоторых монахов, посылает их в другой монастырь руководить устройством жизни в нем, или в мирской дом для спасения душ его обитателей, или же ставит их во главе их братьев, ни этим монахам, ни тем, кто принимает их у себя, не следует причинять никакого вреда. Возможно, Фотий посылал монахов, в которых был уверен, инспекторами в те монастыри, которым не доверял.
В еще одном каноне собор напоминает, что каждый монах обязан пробыть три года послушником, но допускает два исключения из этого правила: тяжелую болезнь, которая вынуждает сократить срок испытания, или прошедшую проверку добродетель во время жизни в миру. Во втором из этих случаев достаточным сроком пребывания в послушниках названы шесть месяцев.
Раньше уже было сказано, что в действительности Фотий, снисходительный к своим сторонникам и больше озабоченный тем, чтобы нравиться им, чем сохранением дисциплины среди служителей церкви, вероятно, позволял настоятелям, поскольку время было трудное, самим определять срок пребывания в послушниках для каждого брата.
Эти распоряжения собора не остались просто словами, и Фотий не останавливался перед насилием, обеспечивая их исполнение. Например, бежавший игумен Николай на седьмом году своего изгнания был насильно возвращен в свой Студийский монастырь, где с ним стали обращаться самым жестоким образом.