Когда Абдул-Меджид покинул Стамбул и отправился в Швейцарию, за ним последовало большинство членов султанской семьи. Так окончилось правление турецких султанов, длившееся почти 600 лет. Вскоре были приняты законы, отделяющие исламские суды от государства, отменяющие запрет на употребление алкоголя и упрощающие процедуру развода и получения наследства. Хотя ислам остался официальной государственной религией Турции, фактически он был устранен из государственной и частной жизни. Религиозные общества были лишены поддержки спонсоров и не могли больше играть политической роли.
Использование исламского фактора в практической, политической и идеологической деятельности кемалистов также имело место и проявилось в призывах к народу защищать ислам и бороться против креста, освободить «священную особу халифа» из «унизительного плена неверных» (английских, французских и итальянских оккупантов). Присвоение Мустафе Кемалю титула Гази также было во многом религиозным актом, так как этот титул означал великого воина, борца за веру и победителя неверных.
Секуляризация в Турции первоначально была принята лишь небольшой частью общества. В сельской местности ее успехи в период правления Ататюрка были значительно скромнее, хотя многие формальные запреты проникали и туда. Как вспоминал бывший президент Тургут Озал, хотя его семья была религиозной, но «я не мог научиться даже в доме совершать намаз, ибо такое было время… В итоге моя мать – учительница, отец – чиновник, они – функционеры режима… По моим воспоминаниям, в касабах (волостных центрах. –
Власти продолжали работать над статусом своего нового Управления по делам религии (УДР) при Совете министров. Оно занималось организацией религиозной службы и строго соблюдало требования власти – «религия должна оставаться вне политики и над политикой». Первым председателем УДР стал анкарский муфтий Мехмет Рифат (Бёрекчизаде), активный участник войны за независимость. Он получал зарплату и привилегии министра. В феврале 1937 года в конституцию была принята поправка о том, что Турция – светское государство. Кемаль был убежден, что «религия должна оставаться сферой личной жизни человека, потому что тогда, когда она затрагивает общество, она провоцирует вмешательство государства».
Мустафа Кемаль был убежден в том, что ислам является естественной и разумной религией, идеально подходящей для турецкого народа. Эта идея о разумности ислама занимала особое место в его взглядах. Он ни в коем случае не был атеистом или агностиком. Для Кемаля ликвидация халифата означала прежде всего освобождение ислама от вредных политических наслоений. Вместе с тем, Кемаль изначально отвергал роль религии как фактора спонтанного выражения народного единения, предпочитая консолидацию на национальных началах. Но до упразднения султаната и халифата Кемаль неоднократно во время путешествия по стране посещал мечети, участвовал в пятничном намазе и даже поднимался на кафедру мечетей (мимбар) для произнесения торжественных речей. После упразднения халифата он, как лицо государственное, отказался от публичных посещений мечетей и молитв, подчеркивая тем самым, что религия в Турции отделена от государства и государство является институтом исключительно светским. Дискуссий по поводу реформирования ислама Кемаль не открывал. Основатель новой Турции был убеждён в том, что многие толкователи религии были глубоко невежественными людьми, которые пользовались забитостью и отсталостью народа, и потому считал крайне необходимым просвещение и гуманизацию самого ислама.
Кемаль ввёл всеобщий запрет на лечение религиозной терапией, травами, снадобьями, гомеопатией и другими методами народной медицины, которые практиковали и улемы. 1 сентября 1925 года по инициативе Кемаля был созван первый Турецкий медицинский конгресс, на котором впервые собрались профессиональные врачи со всей страны, а религиозным целителям была официально запрещена медицинская деятельность.