После упразднения халифата все религиозные учреждения стали обязательной частью государственного аппарата. Департамент религиозных учреждений занимался мечетями, монастырями, назначением и смещением имамов, муэдзинов, проповедников, наблюдением за муфтиями. Коран перевели на турецкий язык, что на тот момент было страшным грехом. Призыв на молитвы стал звучать на турецком языке, хотя попытка отказаться от использования арабского языка на молитвах так и не удалась, так как в Коране важно не только содержание, но и мистическое звучание многих непонятных арабских слов. Выходным днем кемалисты объявили воскресенье, а не пятницу, мечеть Айя-София в Стамбуле превратилась в музей. В быстро растущей столице Анкаре практически не строили культовых сооружений. По всей стране власти были против открытия новых мечетей и сдержанно приветствовали закрытие старых. Турецкое министерство просвещения взяло под свой контроль все религиозные школы. Медресе, существовавшее при мечети Сулеймание в Стамбуле, которое готовило улемов высшего ранга, было передано богословскому факультету Стамбульского университета. В 1933 году на базе этого факультета был открыт Институт исламских исследований.
Однако сопротивление лаицизму (от латинского laicus, не принадлежащий к священству, как называли в Турции меры по секуляризации), оказалось сильнее, чем ожидали. Когда в 1925 году началось курдское восстание, его возглавил один из дервишей-шейхов, призывавших свергнуть «безбожную республику» и восстановить халифат.
В Средние века дервиши нередко выступали в качестве руководителей и вдохновителей религиозно-социальных восстаний. В другие времена они проникали в аппарат правительства и оказывали огромное, хотя и скрытое, влияние на действия министров и султанов. Среди дервишей шло жестокое соревнование за влияние на массы и на государственный аппарат. Они оказывали серьезное влияние на крестьян и ремесленников.
Когда в Турции начались реформы, именно дервиши оказывали наибольшее сопротивление секуляризации. Борьба порой принимала жестокие формы. В 1930 году мусульманские фанатики убили молодого армейского офицера Кубилая. Его окружили, повалили на землю и медленно отпилили ему голову ржавой пилой, выкрикивая: «Аллах велик!», в то время как толпа одобрительными возгласами поддерживала убийц.
Жёсткая политика властей в отношении исламистов привела к формированию официального, «государственного» ислама, деятельность которого строго лимитировалась. Народный же ислам со своими шейхами и дервишами ушёл в подполье, а порой поднимал вооруженные восстания, беспощадно подавляемые властями. Последним крупным выступлением исламистов среди турок стал мятеж в Менемене близ Измира в декабре 1930 года. 23 декабря полдюжины дервишей вошли в небольшой городок Менемен, затерянный среди оливковых полей, в 30 километрах от Измира. Толпа, поддерживающая их, разрасталась, люди выкрикивали требования отменить все реформы; жандармы призвали на помощь военных.
Бунт возглавил дервиш Мехмед, призвавший верующих «спасти священную веру ислама и восстановить шариат». Он организовал расправу над бывшим учителем начальной школы Кубилаем, призванным из запаса в звании лейтенанта запаса. Мятежники развернули зелёное исламское знамя, взятое из соседней мечети, и водрузили на городской площади. Они объявили о скором прибытии армии халифата численностью в 70 тысяч человек. Дервиш провозгласил себя мехди (мессией) и призвал свергнуть безбожную власть.
Два офицера напрасно упрашивали толпу разойтись, затем туда был направлен взвод из 30 солдат. «Чего вы хотите? – спросил Мустафа Фехми Кубилай, молодой офицер, командующий солдатами. – Вы собираетесь выступать против правительства?» Дервиш, возглавлявший толпу, приблизился к Фехми и сразил его пистолетным выстрелом, а затем обезглавил. С тех пор Кубилай считается одним из мучеников кемализма. Кубилай выстрелил холостым патроном. Дервиш заявил, что он неуязвим для пуль, и выстрелил сам, смертельно ранив Кубилая. Затем тело Кубилая было перенесено во двор мечети, где дервиш отрезал ему голову и насадил на шест под возгласы одобрения своих сторонников. Два охранника, открывшие огонь по толпе, были убиты. Прибывший вскоре полк разогнал мятежников, дервиш и пять его спутников были убиты.
Со своими противниками кемалисты расправлялись также без малейшей жалости. Мустафа Кемаль последовательно преследовал дервишей. В 1925 году он закрыл их монастыри и упразднил их ордена, запретил собрания, церемонии и особую одежду. Уголовный кодекс запретил политические ассоциации на базе религии. Это был удар в самую глубину, хотя он и не достиг полностью цели: многие дервишеские ордена бекташи были в то время глубоко законспирированы и избежали ликвидации. Как отмечал британский востоковед Эндрю Манго, в отношении ордена бекташи «была применена взвешенная доза террора, чтобы на время отбить охоту к дальнейшим выступлениям религиозных энтузиастов».